基本信息

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基因组

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

基于转录组的网络分析揭示人类巨噬细胞活化谱模型 [表达]

该数据集为 NCBI BioProject 收录的人类巨噬细胞活化相关转录组研究项目，英文名称为 PRJNA202989: Transcriptome-based network analysis reveals a spectrum model of human macrophage activation [Expression]。其源站标题为“Homo sapiens (ID 202989) - BioProject - NCBI”，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”。本站将其归类于呼吸系统疾病 / 哮喘方向。整体来看，该数据围绕人类巨噬细胞活化相关的转录组或基因表达信息展开，可用于研究巨噬细胞活化状态的表达谱特征、构建网络分析模型，并探索其与呼吸系统疾病及哮喘的潜在关联。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 提供的一种项目集合形式，用于汇集与某一项单一研究计划相关的生物学数据，这些计划通常来自单一机构或联合体。BioProject 记录为用户提供一个统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集即属于此类项目记录，聚焦于人类（Homo sapiens）巨噬细胞活化相关的转录组或基因表达研究。从标题可以看出，该研究采用基于转录组的网络分析，旨在揭示人类巨噬细胞活化的谱模型。本站将其归入呼吸系统疾病 / 哮喘分类，提示该数据可能被用于呼吸系统疾病及哮喘相关的研究背景中。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其核心内容为转录组或基因表达数据。数据围绕人类巨噬细胞活化相关的转录组或基因表达信息，可用于研究巨噬细胞活化状态的表达谱特征、构建网络分析模型，并探索其与呼吸系统疾病及哮喘的潜在关联。关于具体的样本数量、基因数量、表达矩阵格式、测序平台或具体实验条件等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据来源于 NCBI BioProject，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 202989，物种为 Homo sapiens。源站描述指出，BioProject 记录提供用户一个单一位置，以查找为该项目生成的多种数据类型。关于具体的采集时间、采集地点、样本处理流程、测序方法或数据生成机构等细节，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签和标题，该数据集适用于转录组或基因表达相关的研究场景，尤其是涉及人类巨噬细胞活化的表达谱分析。具体而言，可用于研究巨噬细胞活化状态的表达谱特征、构建网络分析模型，并探索其与呼吸系统疾病及哮喘的潜在关联。此外，由于本站将其归类于呼吸系统疾病 / 哮喘，该数据也可能适用于呼吸系统疾病及哮喘的机制探索或生物标志物发现等研究方向。关于具体的适用分析类型或研究设计，源站未提供。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法说明。用户可通过 NCBI BioProject 记录查找该项目所生成的多种数据类型。关于数据下载方式、文件格式、分析工具或处理流程等细节，源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量、完整性、准确性或使用限制的具体说明。该数据集为 BioProject 记录，其描述仅说明该项目汇集了与单一研究计划相关的生物学数据，并提供查找多种数据类型的入口。关于样本量、数据覆盖度、潜在偏差或技术限制等信息，源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供引用方式或许可信息。该数据来源于 NCBI BioProject，源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于具体的引用格式、使用许可或数据共享政策等细节，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE46903

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA202989

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

巨噬细胞活化与深刻的转录重编程相关。尽管在理解巨噬细胞活化、极化和功能方面已取得诸多进展，但调控这些过程的转录程序仍特征不明。我们通过多种活化信号刺激人类巨噬细胞，获取了包含299个巨噬细胞转录组的数据集。对该数据集的分析揭示了一系列巨噬细胞活化状态，扩展了当前M1与M2极化模型。网络分析确定了与所有巨噬细胞活化相关的核心转录调控因子，并辅以与刺激特异性程序相关的调控因子。将这些转录程序应用于吸烟者和慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者的人类肺泡巨噬细胞，揭示了COPD患者炎症特征的意外缺失。最后，通过整合来自ImmGen项目的小鼠数据，我们提出了一种 refined、不依赖活化的核心特征，适用于人类和小鼠巨噬细胞。此资源为未来研究健康和疾病状态下巨噬细胞活化的调控提供了框架。

总体设计：Illumina：为了更好地理解人类巨噬细胞的转录程序，我们使用了一系列不同的刺激物在体外激活和分化人类巨噬细胞。随后，通过转录组学对这些巨噬细胞进行评估，并采用基因共调控分析、SOM聚类、层次聚类、逆向网络工程及ANOVA等统计模型等多种方法进行分析。Affymetrix：为了探究体内巨噬细胞与体外刺激之间的关系，我们下载并整合了两个肺泡巨噬细胞数据集GSE13896（包含COPD患者、吸烟者与非吸烟者）和GSE2125（包含哮喘患者、吸烟者与非吸烟者）。合并后的数据集总计包括12例COPD样本、15例哮喘样本、49例吸烟者样本和39例非吸烟者样本。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别