基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

小鼠转录组或基因表达数据集（BioProject ID 1335367）

该数据集在 NCBI BioProject 数据库中以编号 1335367 登记，英文名称为 PRJNA1335367: Mus musculus Transcriptome or Gene expression，源站标题为 Mus musculus (ID 1335367) - BioProject - NCBI。从主题标签来看，该项目属于转录组或基因表达范畴，研究对象为小鼠（Mus musculus）。本站将其归类于呼吸系统疾病下的哮喘方向，提示该转录组或基因表达数据可能与呼吸系统疾病尤其是哮喘相关研究存在关联。BioProject 作为生物数据集合，通常围绕某一项研究计划或由某一机构、联盟发起，旨在为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的多种类型数据及其相关链接。该数据集即属于此类项目记录，可供研究人员了解其数据组织方式与获取途径。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 提供的生物项目数据库，其记录用于汇集与某一项研究计划相关的生物数据。根据源站描述，一个 BioProject 可以来自单一组织或联盟，并围绕一个单一的研究倡议展开。该记录为用户提供了一个集中位置，用于查找该项目所生成的不同数据类型及其链接。本数据集编号为 1335367，研究对象为小鼠，主题标签为转录组或基因表达。本站将其归入呼吸系统疾病下的哮喘方向，说明该数据在应用分类上与哮喘这一呼吸系统疾病领域存在对应关系。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其内容属于转录组或基因表达类型的数据。数据集英文名称中包含“Mus musculus Transcriptome or Gene expression”，进一步确认其研究对象为小鼠，数据类型为转录组或基因表达。关于具体的样本数量、测序平台、基因数量、表达矩阵、差异表达结果等详细内容，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心（NCBI）。其源站标题为“Mus musculus (ID 1335367) - BioProject - NCBI”，说明该记录是 NCBI BioProject 数据库中的一条项目条目。源站描述指出，BioProject 记录可以来自单一组织或联盟，并围绕单一研究倡议汇集数据。关于该项目的具体提交机构、研究团队、样本采集地点、采集时间、实验设计等采集细节，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签和本站分类，该数据集可适用于转录组或基因表达相关的研究场景，尤其是以小鼠为模式生物、关注呼吸系统疾病中哮喘方向的研究。研究人员可能利用此类数据探索基因表达变化、转录本差异或相关分子机制。由于本站将其归类于呼吸系统疾病下的哮喘方向，该数据也可能用于哮喘相关的生物信息学分析、候选基因筛选或比较转录组研究。关于该数据集是否确实涉及哮喘模型、具体实验条件或验证结果，源站未提供，因此适用场景应结合具体研究目的进一步确认。

【使用方法】

该数据集来源于 NCBI BioProject，用户可通过 NCBI 网站访问编号为 1335367 的 BioProject 记录。根据源站描述，BioProject 记录提供用户一个单一位置，用于查找链接到该项目所生成的不同数据类型。用户可通过该记录获取相关数据的链接，进而访问转录组或基因表达数据。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析工具、预处理步骤或代码示例，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 NCBI BioProject 收录的项目记录，其数据质量与完整性取决于原始提交方。源站描述仅说明 BioProject 是相关生物数据的集合，并提供查找多种数据类型的链接，未提供关于数据质量评估、质控指标、覆盖度、重复性、批次效应或验证状态的具体信息。此外，本站将其归类于呼吸系统疾病下的哮喘方向，但源站未明确说明该分类的依据或该项目与哮喘的直接关联。因此，在使用该数据集时，用户应自行核查原始数据与元数据，并结合研究需求评估其适用性与局限性。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“Mus musculus (ID 1335367) - BioProject - NCBI”。关于该数据集的引用格式、许可协议、使用条款或数据共享政策，源站未提供。用户在使用时应参考 NCBI BioProject 的通用引用规范与相关数据政策，并依据原始项目记录中的说明进行引用与合规使用。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1335367

访问原始数据

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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1335367

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

标题：雷公藤甲素调控哮喘研究中M2巨噬细胞极化的转录组分析描述：哮喘是一种慢性炎症性气道疾病，以气道高反应性、黏液过度分泌和气道重塑为特征。巨噬细胞在气道炎症的启动和消退中发挥关键作用。特别是，由白细胞介素-4（IL-4）等细胞因子诱导的替代激活M2巨噬细胞，已知参与组织修复、气道重塑和免疫调节。了解M2极化如何被调控，可能为哮喘发病机制及潜在治疗策略提供新的见解。雷公藤甲素（TRP）是从雷公藤（Tripterygium wilfordii Hook F）中提取的一种二萜三环氧化物，具有充分记载的抗炎和免疫调节特性。然而，其对巨噬细胞极化的调控作用及潜在分子机制仍不完全清楚。在本研究中，我们使用小鼠巨噬细胞样RAW 264.7细胞系进行转录组分析，以研究TRP对IL-4诱导的M2极化的影响。

分析了两个实验组：(1)经IL-4极化为M2巨噬细胞的RAW 264.7细胞，以及(2)经IL-4处理后再暴露于TRP的RAW 264.7细胞。每种条件下包含六个生物学重复，以确保分析的稳健性。进行了RNA测序(RNA-seq)，以表征在M2极化背景下与TRP治疗相关的全局基因表达变化。该数据集为剖析TRP调控巨噬细胞极化的分子机制提供了宝贵资源。这些发现可能有助于揭示TRP在哮喘中的免疫调节作用，并促进针对巨噬细胞介导的气道炎症的新型治疗方法的开发。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别