基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA132141：特应性哮喘患者过敏原吸入激发期间外周血基因表达变化

PRJNA132141 是一个来源于 NCBI BioProject 的公开数据集，其英文全称为“Peripheral blood gene expression changes during allergen inhalation challenge in atopic asthmatic individuals”。该数据集聚焦于特应性哮喘个体在过敏原吸入激发期间外周血基因表达所发生的变化，归属于呼吸系统疾病中的哮喘方向，数据类型为转录组或基因表达。作为 BioProject 体系中的一项记录，它汇集了围绕同一研究目标所产生的生物数据，为用户提供了查找该项目所生成多种数据类型相关链接的统一入口。整体而言，该数据集可用于观察过敏原激发条件下外周血转录层面的响应特征，服务于哮喘及相关过敏性疾病的基础与转化研究。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI BioProject，编号为 132141，源站标题标注为“Homo sapiens (ID 132141) - BioProject - NCBI”。BioProject 是围绕某一项研究计划而汇集生物数据的集合，这些数据通常来自单一机构或某个联合体。BioProject 记录的作用在于为用户提供一个统一的位置，以便找到该项目所产生的不同类型数据之间的链接。该项目的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其核心数据属于转录组或基因表达范畴。数据集所对应的研究方向为呼吸系统疾病/哮喘，具体关注特应性哮喘个体在过敏原吸入激发期间的外周血基因表达变化。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其数据内容属于转录组或基因表达类型。数据集围绕特应性哮喘个体在过敏原吸入激发期间的外周血基因表达变化展开，研究对象为人（Homo sapiens）。关于样本数量、具体基因列表、表达量数值、差异表达分析结果、时间点设置、过敏原种类及剂量等信息，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 132141。其英文名称表明研究涉及特应性哮喘个体在过敏原吸入激发期间的外周血基因表达变化。BioProject 记录本身是围绕单一研究计划、来自单一机构或联合体的生物数据集合，并提供指向该项目所生成多种数据类型的链接。关于具体的采集机构、采集地点、采集时间、伦理审批信息、样本处理流程及测序平台等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于呼吸系统疾病/哮喘方向的研究，尤其是与特应性哮喘及过敏原吸入激发相关的基因表达或转录组分析。潜在应用包括探索过敏原激发后外周血中基因表达变化特征、开展哮喘相关生物标志物研究，以及作为转录组或基因表达数据用于更广泛的过敏与哮喘机制研究。关于该数据集是否适用于特定分析流程、临床诊断或药物开发等具体用途，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 记录（ID 132141）进行访问，BioProject 记录为用户提供查找该项目所生成多种数据类型相关链接的统一入口。用户可依据该记录获取与转录组或基因表达相关的数据链接。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析工具、预处理步骤及使用协议等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公开的生物数据项目记录。其主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，研究方向为呼吸系统疾病/哮喘。关于数据质量评估指标、样本量、覆盖度、批次效应、缺失值情况、验证实验结果及使用限制等，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI BioProject，编号为 132141，源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于具体的引用格式、许可条款、使用限制及数据共享政策等，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE24745

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA132141

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：轻度哮喘患者吸入过敏原激发后会出现气流阻塞、气道高反应性和炎症反应，这为开展旨在理解这些反应调控机制的假设生成实验提供了一个模型。我们试图评估激发后与激发前相比的外周全血转录组，并确定珠蛋白mRNA去除方法的影响。方法：哮喘受试者（年龄20-60岁，患有稳定、轻度过敏性哮喘，n=17）接受了过敏原吸入激发。所有受试者均出现FEV1下降≥20%的早期哮喘反应；大多数出现FEV1下降≥15%的迟发相反应。在过敏原激发前即刻及激发后两小时采集血液。使用Affymetrix GeneChip® Human Gene 1.0 ST阵列进行转录组分析，在4名受试者中分别采用和不采用珠蛋白mRNA去除方法（分别为PAX-GR和PAX-NGR）。

针对参与顶级经典通路——Nrf2介导的氧化应激反应通路的九个基因表达，我们进行了重复研究。研究使用了5名具有微阵列数据的独立受试者，同时，相同的4名受试者拥有微阵列结果，另有8名独立受试者通过QPCR进行验证。数据分析采用配对t检验及Partek® Genomics Suite™软件。结果：PAX-NGR样本中差异表达的探针集数量是PAX-GR样本的两倍。对每位受试者前后样本的配对分析进一步显示，检测差异表达探针集的能力也是前者的两倍。在PAX-NGR样本中，Nrf2介导的氧化应激反应通路被确定为顶级经典通路。在5名受试者的微阵列数据集中以及2个QPCR重复数据集中，ATP结合盒亚家族C成员1（ABCC1）基因在过敏原刺激后两小时显著减少，P值<0.05。结论：在过敏原刺激期间，球蛋白mRNA的减少并未为检测差异表达基因提供益处。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别