U-BIOPRED队列中吸烟与戒烟重症哮喘氧化应激增强数据集

Name: U-BIOPRED队列中吸烟与戒烟重症哮喘氧化应激增强数据集
Creator: 千方医数集科研发现管道
License: CC BY 4.0

该数据集来自U-BIOPRED项目，聚焦吸烟与戒烟重症哮喘患者的氧化应激。数据覆盖重症哮喘吸烟/戒烟者（SAs/ex）与非吸烟者（SAn），并进一步分为现吸烟（CSA）、戒烟（ESA）和非吸烟（NSA）重症哮喘组

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2023-05-31 更新

其他分类SAnNOS 2 mRNA expressionmRNA expression microarray analysisasthma subjectsU-BIOPRED cohort Oxidative stressfold-changeasthma U-BIOPRED subjectsEnhanced oxidative stress8-PMCSANOX 2 mRNA expression

Enhanced oxidative stress in smoking and ex-smoking severe asthma in the U-BIOPRED cohort

基本信息

模态

其他

大小

0.000508587 GB

任务类型

分类

许可

CC BY 4.0

创建/更新时间

2023-05-31

版本

资源简介

U-BIOPRED队列中吸烟与戒烟重症哮喘氧化应激增强数据集

Enhanced oxidative stress in smoking and ex-smoking severe asthma in the U-BIOPRED cohort

该数据集来自U-BIOPRED项目，聚焦吸烟与戒烟重症哮喘患者的氧化应激。数据覆盖重症哮喘吸烟/戒烟者（SAs/ex）与非吸烟者（SAn），并进一步分为现吸烟（CSA）、戒烟（ESA）和非吸烟（NSA）重症哮喘组。包含临床数据、尿液与痰液样本，以及支气管镜获得的支气管活检和刷检子集，涉及尿8-iso-PGF2α及气道中促氧化（NOX2、NOSs）与抗氧化（SODs、CAT、GPX1）酶mRNA表达分析。可用于研究吸烟对重症哮喘氧化应激与炎症的影响（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。

【数据集背景】

配套论文《Enhanced oxidative stress in smoking and ex-smoking severe asthma in the U-BIOPRED cohort》发表于 PLOS ONE（2018），DOI：10.1371/journal.pone.0203874。源站首次发布：2018-09-21。

【数据内容】

源站描述（机器翻译，仅供参考）：氧化应激被认为是吸烟哮喘患者炎症的主要驱动因素。U-BIOPRED项目招募了重症哮喘吸烟者/戒烟者（SAs/ex）和非吸烟者（SAn）队列，并收集了大量临床和生物标志物信息，从而能够对这些受试者进行表征。我们通过分析尿8-iso-PGF2α以及SAs/ex和SAn气道中主要促氧化酶（NOX2；NOSs）和抗氧化酶（SODs；CAT；GPX1）的mRNA表达，研究了重症哮喘受试者的氧化应激。所有U-BIOPRED重症哮喘受试者进一步分为现吸烟重症哮喘（CSA）、戒烟重症哮喘（ESA）和非吸烟重症哮喘（NSA），以深入探究主动吸烟的影响。从重症哮喘受试者获取临床数据、尿液和痰液。在子集中进行支气管镜检查以获取支气管活检和刷检。

【数据结构与技术规格】

文件数 10 个，合计 508.59 KB。数据集 DOI：10.1371/journal.pone.0203874。

【主题与分类】

源站学科分类：Microbiology、Cell Biology、Genetics、Molecular Biology、Neuroscience、Pharmacology。主题标签：SAn、NOS 2 mRNA expression、mRNA expression microarray analysis、asthma subjects、U-BIOPRED cohort Oxidative stress、fold-change、asthma U-BIOPRED subjects、Enhanced oxidative stress、8-、PM。本站分类：呼吸系统疾病/哮喘。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Microbiology、Cell Biology、Genetics、Molecular Biology、Neuroscience、Pharmacology。

【获取与许可】

源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Enhanced_oxidative_stress_in_smoking_and_ex-smoking_severe_asthma_in_the_U-BIOPRED_cohort/7118306

使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。

规范引用：Emma, Rosalia; Bansal, Aruna T.; Kolmert, Johan; Wheelock, Craig E.; Dahlen, Swen-Erik; J. Loza, Matthew; et al. (2018). Enhanced oxidative stress in smoking and ex-smoking severe asthma in the U-BIOPRED cohort. PLOS ONE. Dataset

【使用注意】

· 源站最后修改于 2023-05-31，引用时请注意版本时效。

原始链接

https://plos.figshare.com/articles/dataset/Enhanced_oxidative_stress_in_smoking_and_ex-smoking_severe_asthma_in_the_U-BIOPRED_cohort/7118306

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使用方式

数据集获取（Figshare）

源站标题：Enhanced oxidative stress in smoking and ex-smoking severe asthma in the U-BIOPRED cohort
DOI：10.1371/journal.pone.0203874
发布日期：2018-09-21
文件数：10 个
文件总体积：508.59 KB
源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Enhanced_oxidative_stress_in_smoking_and_ex-smoking_severe_asthma_in_the_U-BIOPRED_cohort/7118306

命令行下载

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文件清单

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pone.0203874.s002.docx（23.16 KB）
pone.0203874.s003.docx（23.23 KB）
pone.0203874.s004.docx（25.59 KB）
pone.0203874.s005.docx（40.13 KB）
pone.0203874.s006.docx（33.53 KB）
pone.0203874.s007.xlsx（113.01 KB）
pone.0203874.s008.xlsx（88.82 KB）
pone.0203874.s009.xlsx（63.87 KB）
pone.0203874.s010.xlsx（73.20 KB）

文件总体积 508.59 KB（源站 API 实测）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

氧化应激被认为是吸烟性哮喘患者炎症的主要驱动因素。U-BIOPRED项目招募了一批重度哮喘吸烟者/戒烟者（SAs/ex）和非吸烟者（SAn）队列，并收集了大量临床和生物标志物信息，从而能够对这些受试者进行特征描述。我们通过分析尿8-iso-PGF2α以及SAs/ex和SAn受试者气道中主要促氧化酶（NOX2；NOSs）和抗氧化酶（SODs；CAT；GPX1）的mRNA表达，研究了重度哮喘受试者的氧化应激情况。所有U-BIOPRED重度哮喘受试者进一步分为重度哮喘现吸烟者（CSA）、重度哮喘戒烟者（ESA）和重度哮喘非吸烟者（NSA），以深入探究主动吸烟的影响。从重度哮喘受试者获取临床数据、尿液和痰液。在部分受试者中进行了支气管镜检查以获取支气管活检和刷检样本。对每个受试者亚组的主要临床数据进行了分析（尿-8-iso-PGF2α；IS-转录组学；BB-转录组学；BBr-转录组学）。尿8-iso-PGF2α采用质谱法进行定量。

痰液、支气管活检和支气管刷检样本进行了mRNA表达微阵列分析。与SAn相比，SAs/ex组尿8-iso-PGF2α升高，中位数（IQR）= 31.7（24.5–44.7）ng/mmol肌酐，而SAn组中位数（IQR）= 26.6（19.6–36.6）ng/mmol肌酐（p vs. ESA，中位数（IQR）= 29.4（22.3–40.5），以及NSA，中位数（IQR）= 26.5（19.6–16.6）ng/mmol肌酐（p = 0.004）。与SAn相比，SAs/ex组痰液NOX2 mRNA表达升高（探针组203922_PM_s_at倍数变化 = 1.05，p = 0.006；203923_PM_s_at倍数变化 = 1.06，p = 0.003；233538_PM_s_at倍数变化 = 1.06，p = 0.014）。在两个重症哮喘队列的所有气道样本中，抗氧化酶的mRNA表达相似。与SAn相比，SAs/ex组支气管刷检中NOS2 mRNA表达降低（倍数变化 = -1.10；p = 0.029）。支气管刷检中NOS2 mRNA表达与FeNO相关（Kendal’s Tau = 0.535；pp2α在吸烟者/戒烟者组中。试验注册ClinicalTrials.gov—标识符：NCT01976767