慢性肺病下气道微生物组支气管镜检查中的抗菌素耐药基因与抗生素使用

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Abfcbfc80b76c540487c6c6f76610e63a567023107b1588332094585caaf89ffd

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：呼吸道微生物组中的抗菌药物耐药基因（ARGs）特征尚不明确。我们在一项横断面研究中比较了健康对照者与慢性肺病患者中ARGs的存在情况，并对使用抗生素后的时间进行了校正。方法：收集了100名对照者、93名COPD患者、13名哮喘患者、34名结节病患者、12名特发性肺纤维化（IPF）患者和11名无法分类的间质性肺病（uILD）患者的支气管肺泡灌洗液。参与者在采样前14天内未使用抗生素。使用Illumina NovaSeq进行鸟枪法宏基因组测序。使用国家耐药生物数据库鉴定ARGs。样本读数归一化为每百万计数。结果：总体上，38%的对照者至少携带一种ARG，而COPD、哮喘、结节病和IPF患者中这一比例分别为51%、39%、65%和83%（p=0.01）。

针对四环素的ARGs（33%）是最常见的ARG类别，fo…，# 数据来源：慢性肺病中的抗菌药物耐药基因与抗生素使用：下呼吸道微生物组的支气管镜检查研究 数据集DOI：10.5061/dryad.g1jwstr48 ## 数据和文件结构说明 #### 文件ARGdata_BronchoscopyStudy_11May26.csv包含所有必要数据。共有263名受试者的289个变量，每名受试者各有一个唯一样本。数据由Tomas Eagan于2026年5月11日创建 ### 文件和变量 #### 文件：ARGdata_BronchoscopyStudy_11may26.csv 说明： 主数据表，每一行代表一个BAL测序样本，每一列代表一个独特变量 ##### 变量 * A0A081PMP8：从A0A081PMP8到X2KYR0格式的所有变量均为数据集中已鉴定的UniProt ID序列，已标准化为每百万计数 * SampleReads_total：将每行所有计数相加得到的数值 * log_SampleReads_total：SampleReads_total的自然对数，经转换用于线性回归分析…，所有受试者

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。