Bronx waltzer 与对照小鼠前庭黄斑 RNA 的 MJAY 分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE33590

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

自发性突变Bronx waltzer (bv)小鼠品系以耳聋和平衡缺陷为特征。我们将bv突变定位到Srrm4基因，该基因编码一种前体mRNA可变剪接调节因子。我们发现Srrm4在平衡和听觉器官（即前庭斑和耳蜗）中表达。Srrm4也在包括小脑在内的中枢神经系统中表达。为了识别bv/bv小鼠中潜在的剪接缺陷，我们使用小鼠外显子连接微阵列(MJAY)分析了来自bv/bv小鼠及对照(bv/+)同窝仔鼠前庭斑和小脑的RNA样本。在此数据集中，我们包含了从前庭斑样本获得的探针集水平数据。处理后的数据代表已标准化至基因表达水平(Inorm)的探针集强度。Inorm是使用批次校正数据以及未进行批次效应校正的数据计算得出的。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。