Metabolomics Workbench数据仓库
该资源可用于遗传代谢性疾病相关代谢组学研究检索、原始谱图复用、代谢物定量和方法开发。
基本信息
资源简介
Metabolomics Workbench数据仓库
【一句话概览】
美国国立卫生研究院共同基金的国家代谢组学数据仓库（NMDR）正通过 Metabolomics Workbench 接收细胞、组织及生物体的小型与大型研究代谢组学数据，涵盖 MS 和 NMR 等多种分析。为保证可重复性与互操作使用，要求随代谢物测量结果一并提交实验元数据。可上传定量代谢物浓度、MS 峰高/面积、LC 保留时间、NMR 分箱面积等处理后数据，以及 MS 和 NMR 二进制原始文件及相关参数文件，并接受靶向与非靶向研究数据。该平台还提供数据分析与可视化工具及操作说明，经其整理的实验数据可在线检索分析，用户亦可检索代谢物数据库与 RefMet 标准化命名数据库（来源 metabolomicsworkbench.org）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Metabolomics Workbench : NIH Data Repository》。
【数据内容】
源站原始描述：The NIH Common Fund''s National Metabolomics Data Repository (NMDR) is now accepting metabolomics data for small and large studies on cells, tissues and organisms via the Metabolomics Workbench. We can accommodate a variety of metabolite analyses, including, but not limited to MS and NMR. In order to ensure reproducibility and interoperable use of data, we require experimental metadata (see tutorials ) to be deposited along with the metabolite measurements. Processed data (measurements) maybe in…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：NIH共同基金的国家代谢组学数据仓库（NMDR）现正通过代谢组学工作台（Metabolomics Workbench）接收针对细胞、组织及生物体的小型与大型研究的代谢组学数据。我们能够处理多种代谢物分析，包括但不限于质谱（MS）和核磁共振（NMR）。为确保数据的可重复性和互操作性使用，我们要求实验元数据（参见教程）与代谢物测量结果一同提交。处理后的数据（测量结果）可能以定量代谢物浓度、MS峰高/面积值、LC保留时间、NMR分箱面积等形式存在。以MS和NMR二进制文件及相应参数文件形式的原始数据也可上传。我们接受来自目标性和非目标性研究的数据。代谢组学工作台还提供了一套用于数据分析和可视化的工具。整个过程的逐步操作指南可在我们的“上传与管理实验数据和元数据”页面上找到。由NMDR整理的实验数据可通过在线界面进行搜索和分析。用户还可以搜索代谢组学工作台代谢物数据库，该数据库目前包含超过164,000种离散结构，以及RefMet数据库，它为代谢组学实验中的离散代谢物结构和通过MS和NMR技术识别出的同量异位素种类提供了标准化的参考命名。
【主题与分类】
主题标签：metabolomics、MS、NMR、metabolite、cells、tissues、organisms。
【适用方向】
结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。
【获取与许可】
源站页面：https://www.metabolomicsworkbench.org/data/
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://www.metabolomicsworkbench.org/data/
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
NIH支持的代谢组学数据、分析和元数据资源，覆盖多种疾病和样本类型。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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