Name: 胆脂瘤基因-疾病关联数据集
Creator: 千方医数集科研发现管道
License: CC BY 4.0

基本信息

模态

基因组

大小

0.002196457 GB

任务类型

分类

许可

CC BY 4.0

创建/更新时间

2023-05-31

版本

v1

资源简介

胆脂瘤基因-疾病关联数据集

DataSheet_1_Microbiota Associated With Cholesteatoma Tissue in Chronic Suppurative Otitis Media.pdf

该数据集来自 frontiersin.figshare.com，对应一份关于慢性化脓性中耳炎中胆脂瘤组织微生物群的研究数据表。研究通过16S rRNA基因测序对53例接受鼓室乳突切除术的慢性中耳炎患者的103份中耳样本（包括胆脂瘤、肉芽组织、中耳黏膜和分泌物）进行细菌谱分析，旨在比较胆脂瘤组织与其他中耳组织的微生物群差异。数据可用于耳鼻咽喉疾病中耳微生物组研究，支持胆脂瘤相关微生物特征分析与基因-疾病关联探索（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。

【数据集背景】

配套论文《Chronic Suppurative Otitis Media: Bacteriology and Drug Sensitivity Patterns at the Quirino Memorial Medical Center (2004-2005): A Preliminary Study》发表于 Philippine Journal of Otolaryngology-Head and Neck Surgery（2006），DOI：10.32412/pjohns.v21i1-2.823。源站首次发布：2022-04-19。

【数据内容】

源站描述（机器翻译，仅供参考）：中耳炎（OM）被定义为中耳的感染或炎症，仍是全球重大公共卫生问题。胆脂瘤是中耳内一种非癌性、囊样病变，可能因慢性中耳炎而获得，并导致致残性并发症。治疗需要手术，且复发率高。当前抗生素治疗主要针对既往可培养的细菌，这可能导致抗生素耐药或治疗失败。本研究的目标是确定长期慢性中耳炎患者中胆脂瘤组织与其他中耳组织相比的微生物群。中耳样本包括胆脂瘤、肉芽组织、中耳黏膜和分泌物，采集自因慢性中耳炎接受鼓室乳突切除术的患者。通过16S rRNA基因测序对来自53例患者的103份中耳样本中的细菌进行了分析。Respi

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个，合计 2.20 MB。数据集 DOI：10.3389/fcimb.2022.746428.s001。

【主题与分类】

源站学科分类：Medical Bacteriology、Medical Infection Agents (incl. Prions)、Medical Virology、Clinical Microbiology。主题标签：16S rRNA、cholesteatoma、microbiome、middle ear、otitis media。本站分类：耳鼻咽喉疾病/胆脂瘤。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Medical Bacteriology、Medical Infection Agents (incl. Prions)、Medical Virology、Clinical Microbiology。

【获取与许可】

源站页面：https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/DataSheet_1_Microbiota_Associated_With_Cholesteatoma_Tissue_in_Chronic_Suppurative_Otitis_Media_pdf/19614774

使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。

规范引用：Frank, Daniel N.; Magno, Jose Pedrito M.; Velasco, Karen Joyce S.; Bootpetch, Tori C.; Salud, Jacob Ephraim D.; David, Kevin Jer V.; et al. (2022). DataSheet_1_Microbiota Associated With Cholesteatoma Tissue in Chronic Suppurative Otitis Media.pdf. Frontiers. Dataset

【使用注意】

· 源站最后修改于 2023-05-31，引用时请注意版本时效。

原始链接

https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/DataSheet_1_Microbiota_Associated_With_Cholesteatoma_Tissue_in_Chronic_Suppurative_Otitis_Media_pdf/19614774

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使用方式

数据集获取（Figshare）

源站标题：DataSheet_1_Microbiota Associated With Cholesteatoma Tissue in Chronic Suppurative Otitis Media.pdf
DOI：10.3389/fcimb.2022.746428.s001
发布日期：2022-04-19
文件数：1 个
文件总体积：2.20 MB
源站页面：https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/DataSheet_1_Microbiota_Associated_With_Cholesteatoma_Tissue_in_Chronic_Suppurative_Otitis_Media_pdf/19614774

命令行下载

curl -L -o "DataSheet_1_Microbiota Associated With Cholesteatoma Tissue in Chronic Suppurative Otitis Media.pdf" "https://ndownloader.figshare.com/files/34842309"

文件清单

DataSheet_1_Microbiota Associated With Cholesteatoma Tissue in Chronic Suppurative Otitis Media.pdf（2.20 MB）

文件总体积 2.20 MB（源站 API 实测）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

中耳炎（OM）被定义为中耳的感染或炎症，仍是全球范围内的重要公共卫生问题。胆脂瘤是中耳内一种非癌性的囊性病变，可能因慢性中耳炎而获得，并导致致残性并发症。治疗需要手术，且复发率高。当前的抗生素治疗主要针对以往可培养的细菌，这可能导致抗生素耐药或治疗失败。本研究的目标是确定胆脂瘤组织的微生物群，并与长期慢性中耳炎患者其他中耳组织进行比较。收集因慢性中耳炎接受鼓室乳突手术患者的中耳样本，包括胆脂瘤、肉芽组织、中耳黏膜和分泌物。通过16S rRNA基因测序对来自53例患者的103份中耳样本中的细菌进行了分析。还在来自45例患者的115份标本中筛查了呼吸道病毒。观察到胆脂瘤与中耳样本类型之间在细菌谱（β多样性）和个别分类群的相对丰度上存在差异。

此外，患者年龄与整体微生物群组成的差异相关，而许多个别分类单元在年龄四分位数间表现出差异丰度。在筛查的中耳样本中未鉴定出病毒。与中耳黏膜组织相比，胆脂瘤和中耳分泌物的生物多样性中度降低。我们还按样本类型、年龄、胆脂瘤诊断和喹诺酮使用情况呈现了中耳组织的整体细菌谱，包括常见的细菌分类单元。我们的发现将有助于在卫生保健资源有限的环境中优化胆脂瘤和慢性中耳炎的治疗方案。