PXD013038：CDK1 和 CDK2 调控 NICD1 周转与体节发生钟周期

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD013038

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

所有脊椎动物都具有分节的身体轴。体节从近轴中胚层（PSM）的吻侧端形成，其周期性受分节时钟调控。分节时钟是一种分子振荡器，在整个PSM中表现出动态的时钟基因表达，其周期性与体节形成相匹配。Notch信号通路在此过程中至关重要。改变Notch胞内结构域（NICD）的稳定性会影响时钟周期和体节大小。然而，在此背景下NICD稳定性调控的机制尚不清楚。我们鉴定了一个高度保守的位点，该位点对于SCF E3泛素连接酶识别NICD至关重要，而SCF E3泛素连接酶靶向NICD使其降解。我们证明CDK1和CDK2均可在包含该关键残基的结构域内磷酸化NICD，并且NICD水平以细胞周期依赖的方式变化。抑制CDK1或CDK2活性可在体外和体内增加NICD水平，导致时钟基因振荡延迟和体节增大。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。