美国白尾鹿慢性消耗病精准基因组预测数据集
该数据集来自 search.dataone.org,聚焦美国白尾鹿的慢性消耗病(CWD)。基于定制 Affymetrix Axiom SNP 阵列,对 807 只地理来源多样的养殖白尾鹿(284 例 CWD 阳性、523 例未检出)进行全基因组关联分析,使用 123,987 个质控后 SNP,确认

基本信息
资源简介
美国白尾鹿慢性消耗病精准基因组预测数据集
Accurate genomic predictions for chronic wasting disease in U.S. white-tailed deer
该数据集来自 search.dataone.org,聚焦美国白尾鹿的慢性消耗病(CWD)。基于定制 Affymetrix Axiom SNP 阵列,对 807 只地理来源多样的养殖白尾鹿(284 例 CWD 阳性、523 例未检出)进行全基因组关联分析,使用 123,987 个质控后 SNP,确认 PRNP 基因 G96S 为大效应风险位点,并发现 PRNP 以外位点参与。数据可用于 CWD 易感性与疾病进展的基因组预测及遗传机制研究(来源 DataONE,CC0 1.0 Universal (CC0 1.0) Public Domain Dedication 许可)。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):慢性消耗病(CWD)在美国白尾鹿(Odocoileus virginianus)中的地理扩张在很大程度上未因最佳管理实践、诊断监测和阳性畜群扑杀而减缓。使用定制的 Affymetrix Axiom® 单核苷酸多态性(SNP)阵列,我们证明对 CWD 的差异易感性和疾病进展的自然变异均具有中等至高度遗传力(在养殖美国白尾鹿中),并且涉及 PRNP 以外的位点。对 807 只地理来源多样的养殖美国白尾鹿(n = 284 CWD 阳性;n = 523 CWD 未检出)使用 123,987 个质控过滤 SNP 进行全基因组关联分析,确认朊病毒基因(PRNP;G96S)为大效应风险位点(P 值 < 6.3E-11),这由估计的表型方差解释比例(PVE ≥ 0.05)所证明,但
【主题与分类】
主题标签:genome-wide association、Genomic prediction。本站分类:神经系统疾病/朊病毒病。
【获取与许可】
源站页面:https://search.dataone.org/view/sha256%3Acafec0ea1ea50197e07f6b4da5c9a5fd6d1f41b4c537ac8a7c856efaa3a4f010
使用许可:CC0 1.0 Universal (CC0 1.0) Public Domain Dedication。
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- OpenDataLab:
数据说明
美国白尾鹿(Odocoileus virginianus)中慢性消耗性疾病(CWD)的地理扩散在很大程度上未因最佳管理实践、诊断监测和阳性畜群扑杀而减缓。使用定制的Affymetrix Axiom®单核苷酸多态性(SNP)芯片,我们证明,对CWD的差异性易感性以及疾病进展的自然变异均具有中度至高度遗传力(在美国养殖白尾鹿中),并且涉及PRNP以外的位点。对地理来源多样的807只美国养殖白尾鹿队列(n = 284只CWD阳性;n = 523只CWD未检出)使用123,987个质量过滤SNP进行的全基因组关联分析,证实朊蛋白基因(PRNP;G96S)是一个大效应风险位点(P值 < 6.3E-11),其证据是估计的表型方差解释比例(PVE ≥ 0.05),但也表明更多的表型方差总体上由PRNP以外的位点解释。G…
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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