人诱导多能干细胞来源的视网膜色素上皮：用于识别和功能表征AMD风险位点因果变异的模型系统
该数据集包含从六名受试者生成的人诱导多能干细胞来源的视网膜色素上皮（iPSC-RPE）细胞的多组学数据，涉及RNA-seq、ATAC-seq和H3K27ac ChIP-seq等分子模态，通过整合这些数据与成人视网膜和RPE数据，对年龄相关性黄斑变性（AMD）风险位点进行精细定位和功能表征，主要用于研究AMD的遗传机制、因果变异识别以及干细胞模型在眼科疾病研究中的应用。
基本信息
资源简介
该数据集旨在评估人诱导多能干细胞来源的视网膜色素上皮（iPSC-RPE）细胞是否可用于优先排序和功能表征年龄相关性黄斑变性（AMD）风险位点的因果变异。数据集包含从6名受试者生成的iPSC-RPE细胞的多组学数据，包括RNA-seq、ATAC-seq和H3K27ac ChIP-seq数据，这些细胞在形态学和分子特征上类似于天然RPE。通过整合iPSC-RPE、成人视网膜和成人RPE的分子数据，对AMD风险位点进行了精细定位，识别出VEGFA位点的可能因果变异rs943080，并揭示了该变异与染色质可及性改变、VEGFA基因表达降低以及非编码转录本等位基因特异性表达相关的机制。数据集原始数据通过dbGaP提供受控访问，主要研究方向为AMD的遗传机制和干细胞模型在疾病研究中的应用。
下载信息
注册下载
Tips: 该数据集需要在对应的数据源网站注册通过后，才能进行数据下载，注册有对应要求，或者需要收费。
暂未开放公开下载
Tips: 该数据集属于公开下载，应该可以免费公开下载。
暂未开放有偿下载
Tips: 该数据集 Qianfanghub 可以协助提供有偿下载服务，注意，服务不针对数据相关产权，只是技术服务费。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放千方医数集，医疗数据集部分，是为社区服务的公开医疗数据集搜索引擎，并不存储或者下载原始的任何数据。 如果您有其他医疗数据需求，可以和客服联系，或者下工单。我们有强大的三甲医疗机构帮助您提供个性化的医疗数据定制、采集、标注服务。
使用方式
数据集获取
源站：http://data.iscr.ac.cn/Article?id=4fc310f21c61748adc825c0f84dd8ef1
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集旨在评估人诱导多能干细胞来源的视网膜色素上皮（iPSC-RPE）细胞是否可用于优先排序和功能表征年龄相关性黄斑变性（AMD）风险位点的因果变异。数据集包含从6名受试者生成的iPSC-RPE细胞的多组学数据，包括RNA-seq、ATAC-seq和H3K27ac ChIP-seq数据，这些细胞在形态学和分子特征上类似于天然RPE。通过整合iPSC-RPE、成人视网膜和成人RPE的分子数据，对AMD风险位点进行了精细定位，识别出VEGFA位点的可能因果变异rs943080，并揭示了该变异与染色质可及性改变、VEGFA基因表达降低以及非编码转录本等位基因特异性表达相关的机制。数据集原始数据通过dbGaP提供受控访问，主要研究方向为AMD的遗传机制和干细胞模型在疾病研究中的应用。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
精度瓶颈？数据缺失？
当前公开数据无法满足您的算法精度？千方提供针对 干性黄斑变性 的高质量、多模态真实临床数据定制解决方案。
