北美马鹿慢性消耗病基因组预测数据集

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Aa2e786fba6b7037dde8cc976bf4782aa4b47674b3ffe383ac10f8af938ec63b3

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

北美麋鹿（Cervus canadensis）中慢性消耗性疾病（CWD）的地理扩散未能通过最佳管理实践、诊断监测和阳性畜群扑杀得到有效缓解。利用定制的Affymetrix Axiom®遗传变异芯片，我们证明对CWD的差异易感性在养殖北美麋鹿中具有高度遗传性，且涉及PRNP以外的位点。针对地理来源多样的904头养殖北美麋鹿队列（n = 357 CWD阳性；n = 547 CWD未检出），使用173,674个质量过滤变异进行的全基因组关联分析证实，朊蛋白基因（PRNP第132位密码子Met→Leu及启动子变异）是一个效应较大的风险位点（P值 < 5.135E-08），其估计的表型方差解释比例（PVE ≥ 0.032）支持了这一结论。

然而，除PRNP之外的位点共同解释了更多的表型变异。** 基因组最佳线性无偏预测（GBLUP；n = 173,674个标记）采用k折交叉……，，# 数据来源：北美马鹿慢性消耗病的准确基因组预测 https://doi.org/10.5061/dryad.p2ngf1w57 ## 附加（AF）和/或补充（S）文件摘要：AF1_NoCovs_CorrectMales-NoDupesEMMAX_NumericGenos.xlsx：采用完全剂量补偿且无固定效应协变量的全基因组关联分析（GWAA）的EMMAX输出结果。AF2_SexAgeRegion_CorrectMales-NoDupesEMMAX_NumericGenos.xlsx：采用完全剂量补偿且无固定效应协变量（性别、年龄、地理来源区域）的全基因组关联分析（GWAA）的EMMAX输出结果。AF3_K3_NoCovs_CorrectMales_GRM_NumericGenos_50Iters.tsv：采用完全剂量补偿且无固定效应协变量的k = 3交叉验证的迭代摘要（n = 50次迭代）。该文件可作为制表符分隔的文本文件在Excel中打开。AF4_K3_SexAgeRegion_CorrectMales_GRM_NumericGenos_50Iters.tsv：k = 3交叉验证的迭代摘要（n = 50次迭代）

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。