强迫症与神经对照深部脑刺激术中背外侧前额叶皮层组织Bulk RNA-seq

该数据集为 NCBI BioProject 收录的 Bulk RNA-seq 项目,样本来自强迫症患者与神经对照在深部脑刺激神经外科手术中采集的背外侧前额叶皮层组织,用于转录组或基因表达研究

sra
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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA1454822: Bulk RNA-seq of dorsolateral prefrontal cortex tissue collected during deep brain stimulation neurosurgery in obsessive-compulsive disorder and neurological controls

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

强迫症与神经对照深部脑刺激术中背外侧前额叶皮层组织Bulk RNA-seq

PRJNA1454822 是 NCBI BioProject 收录的一个 Bulk RNA-seq 项目,全称为“Bulk RNA-seq of dorsolateral prefrontal cortex tissue collected during deep brain stimulation neurosurgery in obsessive-compulsive disorder and neurological controls”。该项目聚焦于强迫症患者与神经对照在深部脑刺激神经外科手术过程中采集的背外侧前额叶皮层组织,通过批量 RNA 测序开展转录组或基因表达研究。项目主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,在分类上归属于神经系统疾病 / 帕金森病方向。该数据集为研究者提供了从特定临床手术场景中获取的人脑前额叶皮层转录组数据入口,有助于在基因表达层面探索强迫症及相关神经疾病的分子特征。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库。BioProject 是围绕某一项研究计划或倡议而建立的生物数据集合,这些计划或倡议通常来自单一机构或联合体。BioProject 记录为用户提供了一个统一入口,用以查找该项目所产生的多种数据类型及其相关链接。本项目即属于此类记录,其核心研究内容涉及强迫症与神经对照人群的背外侧前额叶皮层组织,并采用 Bulk RNA-seq 技术进行转录组层面的检测。项目在分类上被归入神经系统疾病 / 帕金森病,主题标签明确指向转录组或基因表达。

【数据内容】

该数据集的核心数据为 Bulk RNA-seq 所产生的转录组或基因表达数据。样本类型为背外侧前额叶皮层组织,来源于两类人群:强迫症患者与神经对照。测序策略为批量 RNA 测序,旨在获取组织水平的基因表达谱。项目主题标签“Transcriptome or Gene expression”进一步表明数据内容围绕转录本和基因表达展开。除上述信息外,源站未提供关于具体样本数量、测序深度、读长、表达矩阵或差异基因列表等更详细的数据内容描述。

【采集与来源】

样本采集场景具有明确的临床背景:组织采集发生于深部脑刺激神经外科手术过程中。采集部位为背外侧前额叶皮层。采集对象包括强迫症患者与神经对照。数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,项目以 BioProject 记录形式发布,ID 为 1454822。源站描述仅对 BioProject 的性质作了通用说明,未提供具体的采集机构、伦理审批信息、手术中心名称或样本处理流程等细节。

【适用场景】

该数据集适用于转录组或基因表达相关研究,尤其适合关注强迫症及神经系统疾病分子机制的研究者。由于样本来自深部脑刺激手术中采集的背外侧前额叶皮层组织,并包含强迫症患者与神经对照,该数据可用于比较两类人群在前额叶皮层水平的基因表达差异,或作为神经精神疾病转录组研究的参考数据。此外,该数据也可用于方法学层面的 Bulk RNA-seq 分析流程验证。但具体适用场景需结合源站提供的原始数据与元数据进一步判断。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录,ID 为 1454822。BioProject 记录提供指向该项目所产生多种数据类型的链接,用户可据此定位原始测序数据或相关表达数据。由于源站未提供具体的下载格式、分析流程或推荐工具,使用时应参考 NCBI 相关标准流程。源站未提供关于数据预处理、比对或定量方法的具体说明。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 收录的 Bulk RNA-seq 项目,其质量与限制信息在源站描述中未具体展开。源站未提供样本量、测序质量指标、批次效应控制、对照匹配细节或数据完整性评估等信息。此外,该数据集分类为神经系统疾病 / 帕金森病,但项目标题明确涉及强迫症与神经对照,分类与标题之间的对应关系需用户自行留意。源站未提供关于数据使用限制、伦理约束或临床信息脱敏程度的说明。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的具体引用格式、许可条款或使用协议。用户在使用时应遵循 NCBI 及 BioProject 数据库的通用引用与使用规范,并参考源站记录中可能提供的相关声明。由于源站未提供明确的许可信息,建议用户直接查阅 NCBI BioProject 页面以获取最新引用与许可要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1454822

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

RNA测序是在圣保罗大学医学院进行深部脑刺激电极植入神经外科手术时采集的背外侧前额叶皮层组织上进行的。数据集包括来自3例强迫症(OCD)病例的4个样本和来自4例神经科对照(2例肌张力障碍,2例帕金森病)的6个样本。进行了基因表达水平的定量分析。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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