基本信息

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基因组

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

帕金森病纹状体细胞脆弱性与韧性分子图谱 [snRNA_seq]

PRJNA1271494 是一个收录于 NCBI BioProject 的帕金森病研究项目，全称为“A molecular atlas of cellular vulnerability and resilience in the parkinsonian striatum”，采用单细胞核 RNA 测序（snRNA_seq）技术，主题标签为转录组或基因表达。该项目聚焦帕金森病背景下纹状体区域细胞脆弱性与韧性的分子图谱构建，属于神经系统疾病／帕金森病研究方向。BioProject 作为生物数据的集合记录，将同一项研究所产生的多种数据类型汇聚于一处，便于用户集中查找和访问。该数据集为研究者了解帕金森病中纹状体细胞层面的分子变化提供了可检索的数据资源入口。

【数据集背景】

帕金森病是一种常见的神经系统疾病，其病理过程涉及特定脑区神经元的退行性变化。纹状体作为基底节环路的重要组成部分，在运动控制及相关功能中扮演关键角色。该项目以“帕金森病纹状体细胞脆弱性与韧性分子图谱”为主题，旨在从分子层面刻画纹状体内不同细胞群体在疾病状态下的易损性与耐受性差异。项目通过 NCBI BioProject 平台发布，属于神经系统疾病／帕金森病研究领域，主题标签为转录组或基因表达，技术路线为 snRNA_seq。源站未提供该项目的具体研究机构、资助来源及实验设计细节。

【数据内容】

该数据集的核心内容为基于 snRNA_seq 技术产生的转录组或基因表达数据，服务于帕金森病纹状体细胞脆弱性与韧性的分子图谱构建。BioProject 记录本身并不直接存储所有原始数据文件，而是提供指向该项目所生成各类数据的链接入口，使用户能够定位到与该项目相关的多种数据类型。源站未提供样本数量、测序深度、细胞类型注释、差异表达基因列表或任何具体分析结果。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“BioProject - NCBI”。BioProject 是围绕单一研究计划或由单一组织、联盟发起的生物数据集合，其记录为用户提供查找该项目所产生多种数据类型的统一入口。该项目的英文名称为 PRJNA1271494: A molecular atlas of cellular vulnerability and resilience in the parkinsonian striatum. [snRNA_seq]。源站未提供样本采集地点、供体信息、伦理审批及测序平台等具体采集细节。

【适用场景】

该数据集适用于帕金森病及纹状体相关的基础研究场景，尤其是关注细胞脆弱性与韧性分子机制的研究方向。基于其转录组或基因表达的主题标签以及 snRNA_seq 技术特征，该数据可用于探索纹状体细胞群体在帕金森病状态下的基因表达变化。此外，该数据集也可作为神经科学领域数据挖掘与二次分析的资源入口。源站未提供具体的适用分析流程或推荐应用案例。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 平台访问该记录，利用其提供的链接定位到项目所生成的各类数据。BioProject 记录的设计目的即在于为用户提供单一入口，以便查找同一研究计划下的多种数据类型。源站未提供该数据集的具体下载方式、文件格式、数据处理步骤或分析工具建议。

【质量与限制】

该数据集为 NCBI BioProject 收录的项目记录，其数据质量与完整性取决于项目提交方所提供的信息。BioProject 作为数据集合入口，本身不保证所链接数据的分析深度或结论可靠性。源站未提供该项目的质控指标、批次效应评估、技术偏差说明或任何质量评价结论。使用者在进行二次分析时，应自行评估数据适用性。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用格式、许可协议或使用条款。用户在使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 平台的相关政策以及项目提交方可能指定的引用要求。源站未提供具体的许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE298848

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1271494

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

多巴胺能投射至纹状体的进行性退变是帕金森病（PD）的关键疾病机制。为明确帕金森病纹状体的细胞图谱，我们对早期及进展期PD小鼠模型以及人类PD不同阶段的细胞转录组进行了绘制。我们的分析揭示了神经元和胶质细胞群体中显著的转录组变化，其中星形胶质细胞和少突胶质细胞表现出独特的疾病相关基因表达谱。值得注意的是，进行性多巴胺耗竭揭示了神经元易感性的差异，鉴定出偏心型纹状体投射神经元（SPNs）和表达Chst9的直接通路SPNs为小鼠和人类中最具恢复力的亚型。这一帕金森病纹状体细胞状态动态变化的跨物种分子图谱，揭示了选择性易感和具有恢复力的细胞类型，可为新的治疗策略提供启发。

总体设计：本数据集包含来自帕金森病（PD）小鼠模型的单核RNA测序（snRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据，旨在捕获PD样病理不同阶段和机制下的细胞类型特异性和空间基因表达变化。1. 单核RNA测序（snRNA-seq）对来自两种不同PD模型的小鼠纹状体组织进行了snRNA-seq：轻度神经毒素模型（6-OHDA）：成年野生型小鼠接受单侧注射低剂量（0.6 µg/µL）的6-羟基多巴胺（6-OHDA）至内侧前脑束（MFB），选择性损伤黑质纹状体多巴胺能神经元并诱导轻度帕金森病样病理。未处理的野生型小鼠作为对照。进行性遗传模型（MitoPark）：MitoPark模型（Slc6a3-cre; Tfam^flx/flx）在多巴胺能神经元中特异性诱导线粒体功能障碍，导致进行性神经退行性变。样本在两个时间点收集：10–11周龄：早期阶段，症状前或轻度aff

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别