Pink1敲除大鼠中脑导水管周围灰质基因表达数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE150939

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：帕金森病（PD）是一种进行性、退行性疾病，其早期病理被认为表现在脑干区域。发声缺陷，包括声音柔和单调，会导致显著的临床和生活质量问题，且存在于90%的PD患者中；然而，介导这些显著发声缺陷的潜在病理机制尚不清楚。Pink1-/-大鼠是早发性PD的有效模型，表现出类似的声音交流缺陷（如响度降低）。既往研究表明，在中脑导水管周围灰质（PAG）——一个对哺乳动物发声行为调节至关重要且必不可少的脑区——存在异常的α-突触核蛋白聚集。在本研究中，我们采用高通量RNA测序技术，检测雄性和雌性Pink1-/-大鼠PAG内的基因表达，并与年龄匹配的野生型对照进行比较。我们采用生物信息学方法：（1）检验PAG中Pink1缺失会影响与Pink1相互作用基因表达的假说；（2）突出与孟德尔遗传PD相关的其他关键基因；（3）编录对大鼠发声产生重要的分子靶点。

结果：敲除Pink1基因导致雄性和雌性大鼠均出现差异表达基因。通路分析突出了若干显著的代谢通路。采用加权基因共表达网络分析（WGCNA）识别（A）雄性、（B）雌性及（C）合并性别数据集中的基因节点及其相互作用。在每次分析中，包含Pink1基因的模块内，Pink1本身均为核心节点，与其他基因的相互作用数量最多，这些基因包括溶质载体、谷氨酸代谢型受体以及与蛋白质定位相关的基因。在雄性和雌性数据集中均发现Pink1与Krt2和Hfe之间存在强连接。在雌性中，若干模块与发声特征显著相关。值得关注的是，

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。