MICCAI 2016多发性硬化病灶分割集

MICCAI 2016多发性硬化病灶分割集 是真实存在且可公开访问或申请访问的数据集,包含图像数据、标签、临床变量或随访信息。它可用于视神经脊髓炎谱系疾病领域的NMOSD登记分析、OCT视网膜损伤评估、代谢组/多组学生物标志物和脱髓鞘疾病鉴别,支持模型训练、基准复现和跨队列验证。

OFSEP and MICCAI organizersOFSEP and MICCAI organizers
MSSEG Challenge
2021-01-01 更新
浏览 31
图像图像分割multiple sclerosisMRIsegmentationlesionbrainMICCAI 2016
MSSEG 2016

基本信息

模态
图像
数据量
15
任务类型
图像分割
许可
Custom data use agreement
创建/更新时间
2021-01-01

资源简介

MICCAI 2016多发性硬化病灶分割集

【一句话概览】

MSSEG 是 OFSEP 与 FLI 为推进多发性硬化症患者 MRI 自动分割而组织的挑战赛,于 2016 年 10 月 21 日在 MICCAI 2016 期间举行。其目标是按标准协议评估参与者的先进分割方法,在多中心数据库上同时评价病灶检测与病灶分割精度。该数据库包含来自四个中心的 38 名患者,使用 1.5T 或 3T 扫描仪成像,每名患者由七位专家手动标注。挑战赛还提供统一基础设施,以便在运行时间和相同参数下公平比较算法(来源 portal.fli-iam.irisa.fr)。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《MSSEG》。

【数据内容】

源站原始描述:MS segmentation challenge using a data management and processing infrastructure As part of an ongoing effort, towards automatic segmentation of MRI scans of MS patients, of the OFSEP (French registry on multiple sclerosis aiming at gathering, for research purposes, imaging data, clinical data and biological samples from the French population of multiple sclerosis subjects) and FLI (France Life Imaging), we are organizing a challenge on MS lesions segmentation. This challenge has taken place duri…

中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):使用数据管理与处理基础设施的MS分割挑战赛。作为持续努力的一部分,旨在实现MS患者MRI扫描的自动分割,由OFSEP(法国多发性硬化症登记处,旨在为研究目的收集法国多发性硬化症患者的影像数据、临床数据和生物样本)和FLI(法国生命成像)共同组织,我们正在举办一项关于MS病灶分割的挑战赛。该挑战赛已于2016年10月21日在MICCAI 2016期间举行。此次挑战赛的目标多样。首先,我们旨在评估参与者在遵循标准协议(由OFSEP使用,更多信息参见本文)的数据库上采用的最先进和高级分割方法。为此,我们将在一个多中心数据库(来自四个不同中心的38名患者,使用1.5或3T扫描仪成像,每位患者由七位专家手动注释)上评估病灶检测(检测到多少病灶)和病灶分割(病灶轮廓描绘的精确度)。除了这一传统评估外,本次挑战赛的目标还在于提供一个共同的基础设施,用于评估算法(更多细节见此处)。该基础设施将能够公平地比较算法的运行时间,并确保所有算法对每位患者使用相同的参数运行(这是实现真正自动分割所必需的)。

【主题与分类】

主题标签:multiple sclerosis、MRI、segmentation、lesion、brain、MICCAI 2016。

【适用方向】

影像类数据可用于医学图像分析模型(检测、分割、分类)的训练与评测,也可用于标注质量与成像参数相关性的研究。

【获取与许可】

源站页面:https://portal.fli-iam.irisa.fr/msseg-challenge/

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下载信息

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暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站:https://portal.fli-iam.irisa.fr/msseg-challenge/

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

MICCAI 2016多发性硬化病灶分割集 提供多中心多序列脑 MRI 和多专家 MS 病灶分割标注,适合视神经脊髓炎谱系疾病相关的NMOSD登记分析、OCT视网膜损伤评估、代谢组/多组学生物标志物和脱髓鞘疾病鉴别。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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