马来西亚眼镜王蛇毒腺转录组与蛇毒蛋白质组

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源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A2cdf78fb161a720f69e3b223347d967fa1fbde5881327cc59f079ed2b7c08fb1

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数据说明

背景：眼镜王蛇（Ophiophagus hannah）广泛分布于亚洲许多地区。本研究旨在探究马来西亚眼镜王蛇（MOh）蛇毒的复杂性，以更好地理解眼镜王蛇蛇毒的变异及其致伤病理生理学。采用Illumina HiSeq™平台研究蛇毒腺转录组，同时通过1D-SDS-PAGE-nano-ESI-LCMS/MS对蛇毒蛋白质组进行分析。结果：转录组结果显示，尽管聚类数目较少，但毒素转录本具有高度冗余性（3357.36 FPKM/转录本），提示在受限的蛋白质家族内存在基因复制和多样化。在鉴定出的23个毒素家族中，三指毒素（3FTxs）和蛇毒金属蛋白酶（SVMPs）具有最多样的异构体。这2个毒素家族也是转录最丰富的，其后按降序依次为磷脂酶A2（PLA2s）、富含半胱氨酸的分泌蛋白（CRISPs）、Kunitz型抑制剂（KUNs）和L-氨基酸氧化酶（LAAOs）。

十七个毒素家族的mRNA表达水平较低，包括透明质酸酶、DPP-IV和5’-核苷酸酶，这些在此前关于巴厘岛O. hannah毒腺转录组的研究中未见报道。另一方面，MOh蛋白质组包含3FTxs，这是毒液中表达最为丰富的蛋白质（占毒素丰度的43%）。在该毒素家族中，有6种长链、5种短链和2种非传统型3FTx。神经毒素构成了MOh毒液中的主要3FTxs，这与全身性中毒时报道的快速神经肌肉麻痹相一致。毒性酶如LAAOs、SVMPs和PLA2的存在可解释局部中毒时的组织炎症和坏死性破坏。MOh与Naja kaouthia（单眼眼镜蛇）神经毒素在亚型和序列上的差异，与N. kaouthia抗蛇毒血清对MOh毒液交叉中和活性较差的情况相符。此外，眼镜蛇毒因子的存在，

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。