人CD8+肺驻留记忆T细胞的转录谱

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-61397

标准获取流程：

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数据说明

一种专门化的记忆CD8+ T细胞群体存在于呼吸道黏膜上皮中，以维持对反复感染的防护。这些细胞表达CD69和整合素αβ7（CD103），对应于在肠道、肝脏和脑中也描述过的组织驻留记忆T细胞（TRM）。肺部还存在一个特征描述较少的CD103- CD8+ T细胞群体，其表达效应记忆T细胞（TEM）的特征性标志物。我们测定了从人肺切除样本中获取的这些记忆CD8+ T细胞亚群的转录谱，并将其与同一个体外周血中相应的T细胞群体进行比较。我们的结果表明，每个群体都表现出独特的转录身份。我们发现肺环境对基因表达谱具有重大影响。因此，来自肺部的CD103+和CD103-亚群的转录组彼此之间的相似程度，远高于它们与来自血液的CD103+或CD103-记忆CD8+ T细胞的相似程度。TRM表达特定的趋化因子受体组合，这与其独特的迁移特性相一致。

此外，这些细胞组成性表达细胞因子和细胞毒性基因以实现即时效应功能，并表达趋化因子以招募辅助免疫细胞。同时，多个编码抑制性调节因子的基因也得到表达。这表明快速释放效应功能的能力受到程序性约束的平衡，这种组合在肺部暴露而脆弱的组织中可能至关重要。研究鉴定出全面的转录因子集合，这些转录因子是肺部记忆CD8+细胞群的特征。其中突出的是Notch通路的组分。利用T细胞中缺乏NOTCH1和NOTCH2受体表达的小鼠，我们证明Notch既控制肺部TRM的数量，也控制肺部TEM的功能。我们的数据说明了肺部驻留

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。