带整合元数据的测试 Zarr 文件

根据源站描述,这是一个遵循 NWB 标准的神经生理学数据集,属于 BRAIN Initiative 相关数据,联系人为 Avaylon, Matthew

dandi
2024-07-08 更新
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时间序列神经系统疾病神经生理学NWBDANDI ArchiveBRAIN InitiativeZarr
Test Zarr File with Consolidated Metadata

基本信息

模态
时间序列
创建/更新时间
2024-07-08
版本
draft

资源简介

带整合元数据的测试 Zarr 文件

该数据集英文名为 Test Zarr File with Consolidated Metadata,来源于 dandiarchive.org,对应 DANDI Archive 中的 dandiset 001083。根据源站描述,这是一个遵循 NWB 标准的神经生理学数据集,属于 BRAIN Initiative 相关数据,联系人为 Avaylon, Matthew。数据集在本站被归类为神经系统疾病 / 其他,短描述指出其为神经系统疾病领域的公开数据集,主题涵盖神经系统疾病。整体来看,该数据集面向神经科学和神经系统疾病研究场景,提供公开可访问的数据资源,并以 NWB 标准组织神经生理学数据,便于在相关分析流程中读取、共享和复用。由于源站未提供更详细的实验设计、受试者信息、具体疾病模型或数据规模,以下内容仅能依据已有信息进行说明,未覆盖部分均标注为源站未提供。

【数据集背景】

该数据集来自 DANDI Archive,标识为 dandiset 001083。DANDI Archive 是面向神经科学数据的公开归档平台,源站描述将其定位为 NWB 标准的神经生理学数据集,并与 BRAIN Initiative 相关。数据集在本站被归入神经系统疾病 / 其他类别,说明其应用领域与神经系统疾病研究相关。联系人信息为 Avaylon, Matthew。除上述信息外,关于该数据集的具体研究背景、项目资助细节、所属实验团队、疾病类型细分及研究目标,源站未提供。

【数据内容】

从名称和源站描述可知,该数据集与 Zarr 文件及 consolidated metadata 有关,并以 NWB 标准组织神经生理学数据。NWB 是神经生理学领域常用的数据标准,通常用于描述电生理记录及相关实验元数据。该数据集的主题涵盖神经系统疾病,因此其内容可能服务于神经系统疾病相关的神经生理数据分析。但关于具体包含哪些记录模态、通道数量、采样率、受试者种类、脑区、实验任务、时间跨度、文件数量和数据总量,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 dandiarchive.org,对应 DANDI Archive 的 dandiset 001083。源站描述提到其为 NWB-standard neurophysiology dataset,并与 BRAIN Initiative 相关。联系人列为 Avaylon, Matthew。除来源站、数据集标识、标准格式和联系人之外,关于采集设备、采集地点、实验方案、伦理审批信息、受试者招募方式及原始数据产生过程,源站未提供。

【适用场景】

该数据集属于神经系统疾病领域的公开数据集,主题涵盖神经系统疾病,并采用 NWB 标准组织神经生理学数据。因此,它可用于神经生理学数据的读取、共享、复用及相关分析流程的测试与开发。由于名称中涉及 Zarr 文件和 consolidated metadata,该数据集也可能适用于检验基于 Zarr 存储与元数据整合方式的数据访问流程。但关于其具体适用的疾病研究、分析任务、模型训练或临床转化场景,源站未提供。

【使用方法】

该数据集为公开数据集,来源站为 dandiarchive.org,对应 dandiset 001083。使用者通常可通过 DANDI Archive 获取该数据集,并依据 NWB 标准进行读取和处理。由于名称涉及 Zarr 文件与 consolidated metadata,使用过程中可能需要关注基于 Zarr 的存储结构和元数据组织方式。但关于具体下载步骤、访问链接、依赖工具、API 调用方式、数据加载示例及推荐软件版本,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 DANDI Archive,并遵循 NWB 标准,这有助于提升数据的结构化和互操作性。其主题涵盖神经系统疾病,并归类为神经系统疾病 / 其他。联系人信息为 Avaylon, Matthew。然而,关于数据质量评估、缺失值情况、标注完整性、信号噪声水平、元数据覆盖程度、版本更新记录及已知使用限制,源站未提供。因此,无法依据现有信息判断其质量水平或适用范围边界。

【引用与许可】

该数据集来源于 dandiarchive.org,对应 DANDI Archive 的 dandiset 001083,联系人为 Avaylon, Matthew。关于该数据集的具体引用格式、作者列表、版本号、DOI、发布日期、许可协议类型及使用条款,源站未提供。使用者在引用或再利用该数据集前,应前往 DANDI Archive 对应页面核实最新引用与许可信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://dandiarchive.org/dandiset/001083

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DANDI Archive dandiset 001083. NWB-standard neurophysiology dataset (BRAIN Initiative). Contact: Avaylon, Matthew.

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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