E14.5野生型大脑皮层中Tbr2和Neurog2转录因子结合位点

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-63620

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

迄今为止，关于Tbr2转录因子在皮层特异性中间神经祖细胞特化、维持和分化过程中分子作用的推测，主要来自功能缺失和功能获得实验的分析。然而，鉴于其通过结合DNA来发挥功能的能力，我们进行了染色质免疫沉淀结合深度测序，以绘制其在基因组上的靶标图谱。我们直接在体内进行这一方法，以尊重其在皮层发育过程中发挥作用的生理和特殊环境。此外，我们对Neurogenin 2前神经基因也采用了相同的方法。有趣的是，绝大多数Neurog2峰与Tbr2数据集相同，表明这两个因子之间存在协同作用，这一点已通过生化和功能实验得到证实。最后，我们将Tbr2数据集与其他人获得的H3K27me3组蛋白去甲基化酶Jmjd3（NCBI:Kdm6b）结合的DNA区域进行了比较。有趣的是，我们能够找到与神经元分化重要基因相关的共同区域。3个样本，一个输入染色质，一个Tbr2的ChIP，一个Neurog2的ChIP

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。