SARS-CoV-2感染Peromyscus leucopus差异表达基因数据集

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A1aedf72d19a0ecd3dd49634eb11b5cc84b4295e7f6e89c17a08929aa42d38d7b

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含感染SARS-CoV-2的白足鼠（Peromyscus leucopus）肺和脑组织的RNA测序（RNA-seq）数据，或作为对照暴露于培养基的动物的数据。感染后第3天和第6天收集组织样本。提取总RNA，并使用高通量测序平台制备和测序RNA-seq文库。原始测序读段经过处理，并与参考白足鼠编码DNA序列（CDS）DOI: 10.5061/dryad.hdr7sqvwr进行比对。基因表达水平经过量化和归一化，得到每百万转录本（TPM）DOI: 10.5061/dryad.4j0zpc8sk。TPM数据用于进一步的计算分析研究，以识别不同组织（肺和脑）和时间点（感染后第3天和第6天）的差异表达基因（DEGs），从而能够对SARS-CoV-2感染的转录反应进行比较评估。, , # SARS-CoV-2病毒感染白足鼠（Peromyscus leucopus）- 差异表达基因 一般信息 1. 数据集标题：SARS-CoV-2病毒感染白足鼠（Peromyscus leucopus） 2. 作者信息 A. 主要研究者联系信息 姓名：Alan G.

Barbour  机构：加州大学欧文分校  地址：843 Health Sciences Court, Irvine, CA 92697  电子邮件：abarbour@uci.edu  B. 协作者或共同研究者联系信息  姓名：Ana Milovic  机构：加州大学欧文分校  地址：843 Health Sciences Court, Irvine, CA 92697  电子邮件：anamilovic@gmail.com 3. 数据收集日期（单一日期、范围、大致日期）：2020-2022 4. 数据收集的地理位置：美国加利福尼亚州欧文市 5. 支持数据收集的资助来源信息：美国国家过敏和传染病研究所资助项目 AI-136523 a…

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。