场刺激下转染iGluSNFR3的HaloTDP-iNeuron记录演示数据集
hIPSC衍生的神经元表达诱导型Ngn2（iNeurons），经工程化改造使TDP-43的两个拷贝均携带HaloTag（HaloTDP-iNeuron），分化并培养在大鼠星形胶质细胞上
基本信息
资源简介
场刺激下转染iGluSNFR3的HaloTDP-iNeuron记录演示数据集
本数据集名为“Recording of a HaloTDP-iNeuron transfected with iGluSNFR3 under field stimulation, a demo dataset”，属于神经系统疾病/其他分类，来源于doi.org，由Jackson, Rachel E.与Burrone, Juan于2026年发布，机构为Zenodo，采用Creative Commons Attribution 4.0 International许可。该数据集记录的是经工程化改造的人诱导多能干细胞（hIPSC）来源神经元，在表达诱导型Ngn2（iNeurons）的基础上，使TDP-43的两个拷贝均携带HaloTag（HaloTDP-iNeuron），随后分化并培养在大鼠星形胶质细胞上。在培养至3周时，神经元被转染iGluSNFR3；至5周时，对单个转染神经元的树突分枝进行成像，同时施加场刺激以1Hz脉冲诱发单个动作电位。成像使用倒置宽场显微镜，60倍放大，帧率100Hz，并在谷氨酸和GABA受体阻断剂存在下进行，以分离刺激驱动的活动。该数据集为演示性质，可用于展示相关成像与刺激范式。
【数据集背景】
该数据集聚焦于神经系统疾病相关研究，具体涉及TDP-43蛋白的工程化标记与神经元活动成像。TDP-43是肌萎缩侧索硬化（ALS）和额颞叶痴呆（FTD）等神经退行性疾病的关键病理蛋白之一。本数据集通过将TDP-43双拷贝标记HaloTag，结合iNeuron分化体系与大鼠星形胶质细胞共培养，构建了一个可用于研究TDP-43相关神经元功能与病理机制的细胞模型。同时，利用iGluSNFR3这一基因编码的谷氨酸荧光探针，在单神经元树突水平上监测场刺激诱发的谷氨酸释放动态。该数据集作为演示数据，旨在展示在特定刺激条件下对HaloTDP-iNeuron进行高时空分辨率成像的可行性。
【数据内容】
源站描述显示，数据集包含对单个转染iGluSNFR3的HaloTDP-iNeuron树突分枝的成像记录。成像在5周龄培养物上进行，同时施加场刺激，以1Hz脉冲诱发单个动作电位。成像过程中使用了谷氨酸和GABA受体阻断剂，以隔离刺激驱动的活动。数据具体文件格式、大小、数量、通道数、时间序列长度等细节，源站未提供。
【采集与来源】
样本来源为hIPSC衍生的iNeurons，经工程化改造使TDP-43两个拷贝均携带HaloTag，分化并培养在大鼠星形胶质细胞上。在3周时转染iGluSNFR3，5周时进行成像。采集设备为倒置宽场显微镜，60倍放大，帧率100Hz。刺激方式为场刺激，1Hz脉冲诱发单个动作电位。采集在谷氨酸和GABA受体阻断剂存在下进行。数据来源于doi.org，发布机构为Zenodo。作者为Jackson, Rachel E.和Burrone, Juan。发布时间为2026年。
【适用场景】
该数据集适用于神经科学领域中对TDP-43相关神经元功能、谷氨酸释放动态、树突活动成像以及场刺激诱发单动作电位范式的研究。可作为方法学演示，用于展示iGluSNFR3在HaloTDP-iNeuron中的表达与成像效果，以及宽场显微镜在60倍、100Hz条件下记录树突信号的能力。也可用于验证或比较类似实验范式中的刺激隔离策略，例如使用谷氨酸和GABA受体阻断剂分离刺激驱动活动。此外，该数据集可能对研究ALS/FTD相关细胞模型的研究者具有参考价值。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明。通常，此类成像数据可借助图像分析软件进行荧光信号提取、时间序列分析、感兴趣区域（ROI）划分及活动事件检测。使用者需根据自身研究目的，结合iGluSNFR3的动力学特性与场刺激时间戳进行对齐分析。由于源站未提供详细使用指南，建议参考相关方法学文献或联系作者获取更多信息。
【质量与限制】
该数据集为演示数据集，源站描述中未提供关于数据质量、信噪比、重复次数、样本量或统计功效的具体信息。成像仅针对单个转染神经元的树突分枝，因此数据可能不具有群体代表性。此外，实验使用了受体阻断剂，所记录的活动仅限于刺激驱动的成分，无法反映完整的网络活动。数据采集条件为60倍放大、100Hz帧率，可能受限于宽场显微镜的空间分辨率与光毒性。其他潜在限制，如细胞状态、培养批次差异等，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集采用Creative Commons Attribution 4.0 International许可，允许在署名原作者的前提下共享、改编和商业使用。引用时需注明作者Jackson, Rachel E.与Burrone, Juan，发布机构Zenodo，发布时间2026年，以及数据集名称。具体引用格式可参考Zenodo平台提供的建议。许可要求使用者保留原始署名信息，并标明是否对数据进行了修改。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.23164224
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 3.17 GB。
数据说明
表达诱导型Ngn2的hIPSC衍生神经元（iNeurons）经过工程改造，使TDP-43的两个拷贝均携带HaloTag（HaloTDP-iNeuron），随后分化并在大鼠星形胶质细胞上培养。至第3周时，神经元被转染iGluSNFR3，至第5周时，对单个转染神经元的树突分枝进行成像，同时施加场刺激，以1Hz的脉冲诱发单个动作电位。成像使用倒置宽场显微镜，放大倍数为60倍，帧率为100Hz，并在谷氨酸和GABA受体阻断剂存在的条件下进行，以分离刺激驱动的活动。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
