5xFAD淀粉样变小鼠睡眠与基因型依赖状态的转录组变化
我们的目标是研究睡眠变化是否以及如何影响脑内小胶质细胞功能。我们对表达人源化TREM2常见变异的小鼠，以及存在或不存在淀粉样斑块（Aβ）时不表达TREM2的小鼠，进行慢性睡眠剥夺
基本信息
资源简介
5xFAD淀粉样变小鼠睡眠与基因型依赖状态的转录组变化
PRJNA935345 数据集聚焦于淀粉样变性 5xFAD 小鼠模型中睡眠与基因型依赖状态的转录组变化，属于神经系统疾病领域的转录组测序数据。该数据集旨在探究睡眠变化是否以及如何影响脑内小胶质细胞功能。研究对表达人源化 TREM2 常见变异的小鼠，以及在存在或不存在淀粉样斑块（Aβ）条件下不表达 TREM2 的小鼠，实施慢性睡眠剥夺，并对 4 月龄 5xFAD 与野生型小鼠的海马 mRNA 进行深度测序。测序采用 Illumina NovaSeq 6000 平台，以生物学三重复的方式生成海马 mRNA 表达谱。该数据集为研究睡眠、TREM2 基因型与淀粉样病理交互作用下海马转录组改变提供了原始测序资源，可供神经科学、神经免疫学及阿尔茨海默病相关研究参考。
【数据集背景】
该数据集来源于对睡眠与小胶质细胞功能关系的探索性研究。研究关注的核心问题是：睡眠变化是否以及如何影响脑内小胶质细胞的功能。为此，研究设计围绕两种关键因素展开：一是 TREM2 的基因状态，包括表达人源化 TREM2 常见变异的小鼠以及不表达 TREM2 的小鼠；二是淀粉样斑块（Aβ）的存在与否。在此基础上，研究对小鼠实施慢性睡眠剥夺，以观察睡眠干预与基因型、病理状态共同作用下的转录组响应。研究对象为 4 月龄的 5xFAD 小鼠与野生型小鼠，取材部位为海马。该背景信息来自源站对研究目标与整体设计的描述。
【数据内容】
数据内容为海马 mRNA 表达谱，通过深度测序获得。样本涵盖 4 月龄 5xFAD 小鼠与野生型小鼠，并以生物学三重复的方式进行测序。测序平台为 Illumina NovaSeq 6000。数据集英文名称为“PRJNA935345: Transcriptomic changes of sleep and genotype dependent states in 5xFAD mouse model of amyloidosis.”，本站分类归入神经系统疾病 / 其他。除上述海马 mRNA 表达谱与测序平台、重复设置外，源站未提供更细化的数据文件类型、数据量或注释信息。
【采集与来源】
该数据集来源站为 ebi.ac.uk。源站描述说明，研究对表达人源化 TREM2 常见变异的小鼠，以及在存在或不存在淀粉样斑块（Aβ）时不表达 TREM2 的小鼠，进行慢性睡眠剥夺；随后对 4 月龄 5xFAD 与野生型小鼠的海马 mRNA 进行深度测序，测序在 Illumina NovaSeq 6000 平台上完成，并以三重复生成表达谱。关于样本采集的具体时间点、睡眠剥夺时长与方式、伦理审批及动物饲养条件等细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究睡眠变化对脑内小胶质细胞功能影响的转录组分析场景，尤其适合围绕 TREM2 基因型与淀粉样斑块（Aβ）存在状态交互作用的海马 mRNA 表达比较。由于数据来自 5xFAD 小鼠模型与野生型小鼠，可用于淀粉样变性相关神经科学研究中的差异表达分析、基因型依赖状态比较以及睡眠干预相关转录组响应探索。具体分析目标应结合源站描述的研究问题设定，源站未提供其他推荐应用场景。
【使用方法】
使用时可依据海马 mRNA 表达谱与生物学三重复设计开展组间比较分析，围绕睡眠剥夺、TREM2 基因状态以及淀粉样斑块存在与否等条件组织样本分组。由于源站未提供样本元数据表、原始读段访问方式或预处理流程的详细说明，实际使用前需参考源站记录获取相应数据文件与样本对应关系。源站未提供具体的分析流程或软件参数建议。
【质量与限制】
该数据集以 Illumina NovaSeq 6000 平台进行深度测序，并设置生物学三重复，具备一定的技术重复保障。研究对象为 4 月龄小鼠海马组织，结论外推至其他脑区、其他年龄或人类时需谨慎。源站未提供测序深度、读段质量、比对率等质控指标，也未提供样本排除标准或批次信息。此外，源站未提供睡眠剥夺具体方案与 TREM2 基因型构建的详细描述，相关限制需结合源站记录进一步确认。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用文献、数据许可条款或使用限制说明。使用者在引用或再利用该数据集前，应查阅 ebi.ac.uk 上对应记录以获取最新的引用与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA935345
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们的目的是研究睡眠变化是否以及如何影响大脑中小胶质细胞的功能。我们对表达人源化TREM2常见变异的小鼠，以及在存在或不存在淀粉样斑块（Aβ）的情况下不表达TREM2的小鼠进行了长期睡眠剥夺。总体设计：使用Illumina NovaSeq 6000对4月龄5xFAD和野生型小鼠的海马mRNA图谱进行深度测序，设三个重复。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
