PRJNA670470：航天小鼠视网膜 Illumina NGS RNA-seq 与 RRBS 测序

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA670470

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们报道了太空飞行和栖息地对照小鼠的视网膜转录组和甲基化组图谱。视网膜转录组数据包括7.64亿对末端75x2 bp的RNA-seq数据。甲基化组数据包括7.88亿个75-bp的RRBS DNA甲基化数据。基于RNA-seq数据集，我们识别出177个由太空飞行诱导的差异表达基因（DEGs），并根据RRBS数据集发现了643个差异甲基化基因（DMGs）。基于DEGs和DMGs的功能富集分析显示，太空飞行改变了细胞外基质成分（EMC）、细胞间连接、炎症途径、伤口愈合过程等。基于转录组和甲基化组的整合分析表明，DNA甲基化的修饰与几个重要生物过程和/或通路的转录组变化相关。总体设计：本研究隶属于NASA啮齿动物研究-1项目联盟。在此项目中，16周龄的雌性C57 BL/6J小鼠被送往国际空间站（ISS），置于NASA的动物围护模块（AEM）中，并在ISS中甲板内保持了37天。

我们采用转录组学和甲基化组学方法，利用太空飞行小鼠的视网膜，探究了太空飞行相关神经眼综合征（SANS）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。