PRJNA305060：烧伤疼痛小鼠模型的转录组与行为学特征
目的：我们对左后足部分厚度局部烧伤后小鼠受影响背根神经节进行了转录组分析，以更好地理解伴随烧伤疼痛的分子变化。方法：6-8 周龄雄性 C57BL/6 小鼠在烧伤后三天处死，提取 L3、L4 和 L5 腰段背根神经节
基本信息
资源简介
PRJNA305060：烧伤疼痛小鼠模型的转录组与行为学特征
PRJNA305060 是一项针对烧伤疼痛小鼠模型的转录组与行为学特征研究数据集，聚焦于部分厚度局部烧伤后受影响背根神经节的基因表达变化。该研究以 6–8 周龄雄性 C57BL/6 小鼠为对象，在左后足造成部分厚度烧伤，并于伤后三天处死动物、提取腰段 L3、L4、L5 背根神经节进行转录组测序分析。数据集归入神经系统疾病／其他类别，来源为 ebi.ac.uk，旨在通过分子层面的差异表达信息，增进对烧伤疼痛伴随的分子改变的理解。整体而言，该数据集提供了烧伤疼痛模型下背根神经节的测序数据与分析结果，可用于探索烧伤后外周神经系统基因表达重塑的相关研究。
【数据集背景】
烧伤疼痛是烧伤损伤中常见且复杂的临床问题，其背后的分子机制尚需深入解析。为更好地理解伴随烧伤疼痛发生的分子变化，该研究对左后足部分厚度局部烧伤后小鼠受影响的背根神经节开展了转录组分析。背根神经节作为外周感觉信号传导的关键结构，其基因表达改变可能反映烧伤后感觉神经系统的适应性变化，因此该研究选择腰段背根神经节作为分析对象，结合行为学特征对烧伤疼痛模型进行刻画。
【数据内容】
数据集的核心内容为小鼠腰段背根神经节（L3、L4、L5）的转录组测序数据及其衍生的基因表达计数信息。研究通过差异表达分析发现，烧伤损伤后背根神经节中有 30 个基因出现差异表达。测序在 Illumina NextSeq 500 平台上以 75 核苷酸单端读长方式进行，文库采用 TruSeq stranded total RNA 文库制备方法构建。原始读段经 STAR 比对工具与 samtools 处理，比对至 mm10（Ensembl）参考基因组，并使用 HTSeq_count 生成计数表。此外，数据集名称中还包含行为学特征刻画的内容。
【采集与来源】
样本来自 6–8 周龄雄性 C57BL/6 小鼠，在左后足实施部分厚度局部烧伤，并于烧伤后三天处死动物，提取 L3、L4、L5 腰段背根神经节。实验设计中将四只动物混合组成一个生物学重复，样本以三重复形式收集。数据来源站为 ebi.ac.uk，数据集英文名称为 PRJNA305060: Transcriptomic and behavioural characterisation of a mouse model of burns pain。
【适用场景】
该数据集适用于烧伤疼痛相关的基础研究，尤其是关注外周感觉神经节在烧伤后分子改变的研究方向。研究者可利用其转录组数据探索烧伤后背根神经节中差异表达基因，进而为烧伤疼痛机制研究、候选分子标志物筛选以及后续实验验证提供数据基础。由于数据同时涉及行为学特征刻画，也可为烧伤疼痛模型的行为学与分子表型关联分析提供参考。
【使用方法】
使用时可基于源站提供的测序读段或计数表开展分析。若从原始数据出发，可参照原研究的处理流程：使用 STAR 比对工具与 samtools 将读段比对至 mm10（Ensembl）参考基因组，再通过 HTSeq_count 生成计数表；若直接使用计数表，则可在此基础上进行差异表达分析等下游统计处理。具体样本分组、重复结构与行为学数据的获取方式，源站未提供进一步细节。
【质量与限制】
该研究采用三重复设计，每个生物学重复由四只动物混合组成，测序为 75 核苷酸单端运行，并使用了标准化的比对与计数流程。需要注意的是，数据集描述中仅明确提及发现 30 个差异表达基因，其余结果细节源站未提供；样本仅覆盖雄性 C57BL/6 小鼠烧伤后三天这一单一时间点，关于其他时间点、性别或品系的信息源站未提供。使用者在解释结果时应结合实验设计的上述特征。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA305060
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
目的：我们对左后足部分厚度局部烧伤后小鼠受累背根神经节进行了转录组学分析，以更好地理解伴随烧伤疼痛的分子变化。
方法：取6-8周龄雄性C57BL/6小鼠，于烧伤后三天处死，提取L3、L4和L5腰段背根神经节。将四只动物合并为一个生物学重复，样本设三个重复。测序在Illumina NextSeq 500平台上以75核苷酸单端运行方式进行，文库采用TruSeq链特异性总RNA文库制备法构建。使用STAR比对器和samtools对reads进行比对，比对至mm10（Ensembl），并使用HTSeq_count生成计数表。
结果：我们发现烧伤后背根神经节中有30个基因差异表达，其中包括Atf3、Npy、Lipn等。我们确定Cckbr和Grin2b为潜在的疼痛药物靶点。
结论：局部烧伤后，神经元主要经历炎症和再生过程，并富集神经肽信号传导过程。
特别是Cckbr和Grin2b，连同我们研究中鉴定出的其他基因，被确定为治疗烧伤疼痛的潜在靶点。总体设计：提取背根神经节（DRG）神经元RNA，并使用Illumina NextSeq 500以75核苷酸单端运行方式进行三次重复测序。请注意，BURN_IP样本标题中的IP代表“同侧”（ipsilateral），而非免疫沉淀。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
