NIH COVID-19尸检唾液腺全转录组分析数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1484958

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

唾液腺被认为是SARS-CoV-2感染的靶标，在大唾液腺和小唾液腺组织中均检测到病毒RNA和蛋白质；然而，唾液腺上皮和间质对感染的转录反应仍表征不足。在此，我们展示了一份来自确诊COVID-19个体和对照组尸检获得的大唾液腺（腮腺、下颌下腺）和小唾液腺样本的批量RNA测序数据集。转录组分析揭示，与对照组织相比，COVID-19中存在先天免疫信号失调、干扰素反应通路异常或腺上皮应激反应，且在大唾液腺和小唾液腺区室之间观察到差异；鉴定出腺体特异性特征。这些数据为研究急性COVID-19中唾液腺病理及其对感染口腔表现和急性后遗症潜在贡献提供了组织水平的转录资源。手稿见：Huang N, Pérez P,…Warner BM, Byrd KM. SARS-CoV-2 infection of the oral cavity and saliva. Nat Med. 2021 May;27(5):892-903. doi: 10.1038/s41591-021-01296-8. Epub 2021 Mar 25.

PMID：33767405；PMCID：PMC8240394；Stein SR，…等，…Hewitt SM、Kleiner DE、Chertow DS。尸检中SARS-CoV-2在人体和大脑中的感染与持续存在。《自然》。2022年12月；612(7941)：758-763。doi：10.1038/s41586-022-05542-y。电子版发布于2022年12月14日。PMID：36517603；PMCID：PMC9749650。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。