PRJNA1142592:Macaca nemestrina(猪尾猕猴)基因组,mMacNem1,序列数据

南方猪尾猕猴(Macaca nemestrina)是一种中型猕猴,生活在巽他兰、泰国南部、马来西亚和印度尼西亚。这种猕猴的毛色为浅棕褐色,背部颜色较深,腹部颜色较浅

ena
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基因组回归基因组序列数据猪尾猕猴神经系统疾病
PRJNA1142592: Macaca nemestrina (pig-tailed macaque) genome, mMacNem1, sequence data

基本信息

模态
基因组
任务类型
回归
创建/更新时间
2026-11-04

资源简介

PRJNA1142592:Macaca nemestrina(猪尾猕猴)基因组,mMacNem1,序列数据

PRJNA1142592 是一个围绕南方猪尾猕猴(Macaca nemestrina)基因组展开的序列数据集,对应样本编号为 mMacNem1。南方猪尾猕猴是一种中型猕猴,分布于巽他兰、泰国南部、马来西亚和印度尼西亚,其毛色呈浅棕褐色,背部颜色较深,腹部颜色较浅,因尾巴较短且半直立、形似猪尾而得名。该数据集来源于 ebi.ac.uk,在本站归入神经系统疾病 / 其他分类。其样本取自一只雄性个体,该个体由位于西雅图的华盛顿大学华盛顿国家灵长类研究中心(WaNPRC)繁育。样本由 Rebecca Hodge 获取,并由艾伦脑科学研究所的 Trygve Bakken、Ed Lein 和 Rebecca Hodge 协调,用于为艾伦脑科学研究所的运动皮层项目以及脊椎动物基因组计划(VGP)生成高质量参考基因组。整体而言,该数据集提供了与南方猪尾猕猴参考基因组构建相关的序列数据,服务于比较基因组学与神经科学研究背景下的基因组资源建设。

【数据集背景】

南方猪尾猕猴(Macaca nemestrina)是一种中型猕猴,自然分布于巽他兰、泰国南部、马来西亚和印度尼西亚。该物种的毛色为浅棕褐色,背部颜色较深,腹部颜色较浅,其通用名称来源于它较短且半直立的尾巴,外形类似猪尾。该数据集所涉及的样本来自一只雄性个体,该个体由位于西雅图的华盛顿大学华盛顿国家灵长类研究中心(WaNPRC)繁育。样本的获取与协调工作由艾伦脑科学研究所的相关研究人员完成,目的是为艾伦脑科学研究所的运动皮层项目以及脊椎动物基因组计划(VGP)生成高质量的参考基因组。这一背景表明,该数据集并非孤立的测序产物,而是服务于特定神经科学项目与大规模基因组计划的组成部分。

【数据内容】

该数据集为南方猪尾猕猴基因组 mMacNem1 的序列数据。数据集名称中明确标注了物种名称、样本编号以及数据类型为序列数据。关于序列数据的具体规模、覆盖深度、读长类型、组装水平等细节,源站未提供。数据集在本站被归入神经系统疾病 / 其他分类,但该分类与数据本身的具体技术指标之间的关系,源站未提供进一步说明。

【采集与来源】

该数据集的样本来自一只雄性南方猪尾猕猴,该个体由华盛顿大学华盛顿国家灵长类研究中心(WaNPRC)繁育,地点位于美国西雅图。样本由 Rebecca Hodge 获取,并由艾伦脑科学研究所的 Trygve Bakken、Ed Lein 和 Rebecca Hodge 协调。采集该样本的目的,是为艾伦脑科学研究所的运动皮层项目以及脊椎动物基因组计划(VGP)生成高质量的参考基因组。数据来源站为 ebi.ac.uk。关于采样时间、具体采样组织、伦理审批编号等信息,源站未提供。

【适用场景】

基于该数据集与艾伦脑科学研究所运动皮层项目及脊椎动物基因组计划(VGP)的关联,其适用场景主要涉及南方猪尾猕猴参考基因组的构建,以及在此基础上开展的比较基因组学、灵长类基因组学和神经科学相关研究。由于该数据集被本站归入神经系统疾病 / 其他分类,可能也与神经系统疾病研究背景下的基因组资源利用相关,但具体应用方式源站未提供。关于该数据集是否适用于其他特定研究目的,源站未提供。

【使用方法】

关于该数据集的具体使用方法,包括数据下载方式、文件格式、分析流程、配套工具等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的目标是生成高质量的参考基因组,样本来自在华盛顿国家灵长类研究中心繁育的雄性个体,并由艾伦脑科学研究所协调用于运动皮层项目与脊椎动物基因组计划。关于数据的具体质量指标、覆盖度、组装完整性、污染评估等,源站未提供。关于该数据集在物种代表性、个体代表性或技术层面的限制,源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA1142592

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

南豚尾猴(Macaca nemestrina)是一种中型猕猴,栖息于巽他古陆、泰国南部、马来西亚及印度尼西亚。该猕猴拥有浅黄褐色皮毛,背部区域颜色较深,腹部区域较浅。其俗名源于其短小且半直立的尾巴,形似猪尾(摘自维基百科条目)。本样本来自一只雄性个体,该个体在位于西雅图的华盛顿大学华盛顿国家灵长类研究中心(WaNPRC)繁育。样本由Rebecca Hodge获取,并由艾伦脑科学研究所的Trygve Bakken、Ed Lein和Rebecca Hodge协调,旨在为艾伦研究所的运动皮层项目及脊椎动物基因组计划(VGP)生成高质量的参考基因组。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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