抗NMDAR脑炎外周血单个核细胞单细胞RNA测序数据集
该数据集包含来自16名法国抗N-甲基-D-天冬氨酸受体（NMDAR）脑炎患者和16名法国匹配对照的外周血单个核细胞（PBMCs）
基本信息
资源简介
抗NMDAR脑炎外周血单个核细胞单细胞RNA测序数据集
NMDA scRNAseq 是一个面向神经系统疾病研究的单细胞转录组数据集，收录于 search.dataone.org，在本站归入“神经系统疾病 / 其他”分类。该数据集的核心样本为外周血单个核细胞（PBMCs），来自 16 名法国抗 N-甲基-D-天冬氨酸受体（NMDAR）脑炎患者以及 16 名法国匹配对照，共构成 32 份样本的对照设计。数据以单细胞 RNA 测序为主，同时包含基于 Feature Barcode 技术的细胞表面蛋白信息，可用于在单细胞分辨率下比较患者与对照的免疫细胞转录特征。数据集以 CC0 1.0 公共领域贡献许可开放，主题标签覆盖抗 NMDAR 与对照 PBMCs 的单细胞 RNA 测序以及医学、健康与生命科学领域。
【数据集背景】
抗 NMDAR 脑炎是一种由抗 N-甲基-D-天冬氨酸受体抗体介导的神经系统疾病，其外周免疫细胞状态是理解疾病机制的重要窗口。该数据集正是围绕这一疾病背景构建：以 16 名法国抗 NMDAR 脑炎患者为病例组，以 16 名法国匹配对照为对照组，采集外周血单个核细胞开展单细胞层面的分子 profiling。病例与对照在数量上一一匹配，便于进行组间比较。数据集在本站被归入神经系统疾病分类下的“其他”子类，主题标签同时标注了单细胞 RNA 测序与医学、健康与生命科学，说明其定位是服务于神经免疫与临床转化方向的基础研究资源。
【数据内容】
数据内容以外周血单个核细胞的单细胞转录组为主体。源站描述表明，样本分别构建了单细胞 3’ 和 5’ 文库：3’ 文库使用 Chromium Single Cell 3’ Reagent Kits（v3.1 Chemistry）制备，5’ 文库使用 Chromium Next GEM Single Cell V(D)J Reagent Kits v1.1 并结合 Feature Barcode 技术获取细胞表面蛋白信息。因此，该数据集不仅包含单细胞基因表达信息，还包含与细胞表面蛋白相关的特征条形码信息。测序数据经 10x Genomics Cell Ranger v6.0 处理，单细胞（singlet）的判定使用 demuxlet 完成。除上述内容外，源站未提供关于文件数量、数据体积、细胞数、基因数或具体免疫细胞亚群组成的进一步说明。
【采集与来源】
样本来源为 16 名法国抗 NMDAR 脑炎患者和 16 名法国匹配对照的外周血，经处理获得 PBMCs。数据集来源站为 search.dataone.org。样本的采集时间、采集机构、伦理审批信息、患者临床特征及匹配所依据的具体变量，源站未提供。
【适用场景】
基于其病例对照设计与单细胞分辨率，该数据集适用于抗 NMDAR 脑炎外周免疫特征的探索性分析，例如患者与匹配对照之间 PBMC 转录谱的组间比较、单细胞层面的细胞类型构成分析，以及结合细胞表面蛋白特征条形码信息对免疫细胞进行联合表征。由于包含 3’ 与 5’ 两类文库，也可用于考察不同文库化学条件下的表达信息。需要说明的是，上述适用方向由数据自身的设计与内容所决定，源站未提供具体的分析案例或验证结论。
【使用方法】
使用该数据集时，可依据源站描述的处理流程理解数据组织方式：测序数据由 Cell Ranger v6.0 处理，单细胞判定由 demuxlet 完成，因此下游分析应以经过该流程得到的表达矩阵和单细胞判定结果为起点。涉及细胞表面蛋白的分析需结合 Feature Barcode 技术产生的特征计数信息。数据以 CC0 1.0 许可开放，可自由获取与使用。关于下载地址、文件目录结构、矩阵格式及配套元数据表的具体说明，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集的一个明确特征是病例与对照在数量上匹配（各 16 名，均为法国人群），这有利于控制组间样本量差异，但也意味着样本仅覆盖单一国家人群，外推需谨慎。单细胞判定使用 demuxlet，有助于排除双细胞等干扰。源站未提供测序深度、细胞存活率、批次信息、质控阈值或数据完整性评估等质量指标，也未提供关于临床异质性、用药状态等可能影响结果的混杂因素说明，使用时应结合自身分析目的加以评估。
【引用与许可】
该数据集采用 Creative Commons CC0 1.0 公共领域贡献许可（http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0），允许在无需署名的情况下使用、修改与分发。数据来源站为 search.dataone.org。关于原始文献、作者列表、发表期刊及正式引用格式，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
外周血单个核细胞（PBMCs）取自16例抗N-甲基-D-天冬氨酸受体（NMDAR）脑炎的法国患者和16名匹配的法国对照者。分别使用Chromium Single Cell 3’ Reagent Kits（v3.1 Chemistry）和带有细胞表面蛋白Feature Barcode技术的Chromium Next GEM Single Cell V(D)J Reagent Kits v1.1制备单细胞3’和5’文库。测序数据使用10x Genomix Cell Ranger v6.0进行处理。使用demuxlet鉴定单细胞（singlet）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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