shell MEA 神经类器官神经调控数据集

该数据集属于神经系统疾病领域,主题涵盖神经类器官,采用 NWB 标准格式组织神经生理学数据,来源于 BRAIN Initiative 相关研究

dandi
2025-02-14 更新
浏览 13
其他神经类器官shell MEA神经调控神经生理NWBBRAIN InitiativeDANDI
Neuromodulation in neural organoids with shell MEAs

基本信息

模态
其他
创建/更新时间
2025-02-14
版本
0.250911.2228

资源简介

shell MEA 神经类器官神经调控数据集

Neuromodulation in neural organoids with shell MEAs 是一个公开的神经生理学数据集,收录于 DANDI Archive,编号为 dandiset 001336。该数据集属于神经系统疾病领域,主题涵盖神经类器官,采用 NWB 标准格式组织神经生理学数据,来源于 BRAIN Initiative 相关研究。数据集联系人为 Erik Johnson。从名称可以看出,该数据集关注的是利用壳式微电极阵列(shell MEAs)对神经类器官进行神经调控研究。神经类器官是由多能干细胞衍生而来的三维体外模型,能够在一定程度上模拟人脑的发育与功能特性;壳式微电极阵列则是一种贴合类器官表面或轮廓的柔性电极结构,可用于记录和刺激神经活动。该数据集为研究神经类器官的电生理特性及神经调控效应提供了公开可用的数据资源。

【数据集背景】

该数据集属于神经系统疾病领域,主题涵盖神经类器官。神经类器官作为体外三维神经模型,在神经发育、疾病机制和药物筛选等研究中具有重要价值。将壳式微电极阵列与神经类器官结合,可对类器官的神经活动进行调控与观测。该数据集由 BRAIN Initiative 相关项目产生,并发布在 DANDI Archive 平台。联系人信息为 Johnson, Erik。关于该数据集的具体研究背景、项目资助信息及实验设计动机,源站未提供。

【数据内容】

该数据集为 NWB 标准的神经生理学数据集,编号 dandiset 001336。其核心内容涉及在神经类器官中使用壳式微电极阵列进行神经调控所获得的神经生理学数据。数据以 NWB 格式存储,便于在神经生理学数据分析工具链中读取与处理。关于数据的具体规模、记录通道数、受试类器官数量、实验条件、刺激参数、记录时长以及是否包含行为或元数据文件等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 dandiarchive.org,即 DANDI Archive,属于 BRAIN Initiative 相关数据。数据集联系人为 Johnson, Erik。数据采集涉及神经类器官与壳式微电极阵列,属于神经调控实验范畴。关于采集设备的具体型号、电极阵列规格、采样率、实验地点、采集时间范围以及样本制备方法等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于神经系统疾病领域的神经生理学研究,尤其是围绕神经类器官的电生理活动分析与神经调控效应评估。潜在应用包括神经类器官自发活动与诱发响应的分析、神经调控刺激对类器官网络活动影响的研究,以及基于 NWB 标准的数据处理流程开发与验证。由于该数据集主题涵盖神经类器官,也可用于体外神经模型相关的计算方法比较。关于该数据集是否适用于特定疾病建模、药物筛选或临床转化研究,源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 NWB 标准格式发布,可通过 DANDI Archive 平台获取。使用者可借助支持 NWB 格式的神经生理学数据分析工具读取和处理数据。关于具体的下载方式、访问权限、推荐分析流程、配套代码或文档链接,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BRAIN Initiative 相关的 NWB 标准神经生理学数据集,发布在 DANDI Archive 平台。关于数据质量评估指标、缺失情况、伪迹水平、可重复性验证结果以及已知技术限制,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的引用方式、许可协议类型以及使用条款,源站未提供。使用者应参考 DANDI Archive 上 dandiset 001336 的官方页面获取引用与许可相关信息。

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使用方式

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源站:https://dandiarchive.org/dandiset/001336

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DANDI Archive dandiset 001336. NWB-standard neurophysiology dataset (BRAIN Initiative). Contact: Johnson, Erik.

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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