大鼠海马点燃诱导基因表达变化的Meta分析

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A5422884d2f79a7f45d796c34daf26284ceeaad2b319dca6e6d3759846bb051f1

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

已有大量研究通过癫痫点燃模型考察啮齿类动物海马中的基因表达模式。然而，近期对该文献的综述显示，各研究之间的共识有限。由于这一结论是基于对各项研究报告的“命中列表”进行回顾性比较得出的，我们假设重新分析原始表达数据有助于解决这一问题。本文中，我们重新分析了四项关于大鼠兴奋性毒素诱导点燃的全基因组表达研究，并进行了统计荟萃分析。荟萃分析揭示了800多个基因在首次癫痫发作诱导后24小时表达发生显著变化，以及59个基因在10天后发生改变。为结合既往工作评估我们的结果，我们根据已发表文献的共识汇编了一份参考基因列表。我们的表达谱包含了该参考列表中的大部分基因，而大多数额外基因来自先前已确认在点燃过程中发生改变的途径或生物学过程。此外，我们的结果强调了脂质代谢和蛋白质降解途径中的表达变化。

我们得出结论，对已发表的表达数据进行谨慎的再分析有助于阐明点燃效应背后的基因和通路。补充材料可在 http://www.chibi.ubc.ca/faculty/pavlidis/meta-analysis-of-brain-kindling/ 获取。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。