刚性化颈动脉与未刚性化颈动脉小鼠脑内源光学成像与GCaMP数据

主题标签:神经系统疾病、内源光学成像、GCaMP、小鼠脑数据、颈动脉刚性化、NWB、神经生理。本数据集为神经系统疾病领域公开数据集,主题涵盖神经系统疾病。

dandi
2024-10-18 更新
浏览 11
时间序列神经系统疾病内源光学成像GCaMP小鼠脑数据颈动脉刚性化NWB神经生理
Intrinsic optical imaging (IOI) and GCaMP mouse brain data, with and without rigidified carotid artery

基本信息

模态
时间序列
创建/更新时间
2024-10-18
版本
0.241111.1757

资源简介

刚性化颈动脉与未刚性化颈动脉小鼠脑内源光学成像与GCaMP数据

该数据集英文名为 Intrinsic optical imaging (IOI) and GCaMP mouse brain data, with and without rigidified carotid artery,来自 dandiarchive.org,对应 DANDI Archive 中的 dandiset 001210。它属于神经系统疾病 / 其他这一分类,是一项以 NWB 标准组织的神经生理学数据集,与 BRAIN Initiative 相关,联系人为 Bakker, Marleen。数据集围绕内源光学成像、GCaMP、小鼠脑数据以及颈动脉刚性化等主题展开,面向神经系统疾病领域的公开数据共享。整体来看,该数据集将内源光学成像与 GCaMP 信号记录结合,并设置有无颈动脉刚性化条件的小鼠脑数据,为神经生理研究提供标准化、可获取的数据资源。

【数据集背景】

该数据集所属领域为神经系统疾病,同时被归入“其他”类别。其主题标签包括神经系统疾病、内源光学成像、GCaMP、小鼠脑数据、颈动脉刚性化、NWB 和神经生理。数据集来自 dandiarchive.org,具体为 DANDI Archive dandiset 001210。源站将其描述为 NWB 标准的神经生理学数据集,并与 BRAIN Initiative 相关。联系人信息为 Bakker, Marleen。以上信息表明,该数据集是在神经系统疾病研究背景下,围绕小鼠脑成像与神经生理记录建立的公开数据资源。

【数据内容】

数据集英文名称明确包含 Intrinsic optical imaging (IOI) 与 GCaMP mouse brain data,并注明 with and without rigidified carotid artery。由此可知,数据内容涉及内源光学成像和 GCaMP 相关的小鼠脑数据,且包含颈动脉刚性化与未进行颈动脉刚性化两种条件。数据以 NWB 标准组织,属于神经生理学数据集。除上述内容外,源站未提供更细粒度的数据内容说明。

【采集与来源】

数据来源站为 dandiarchive.org,对应 DANDI Archive dandiset 001210。源站描述其为 NWB-standard neurophysiology dataset (BRAIN Initiative),联系人为 Bakker, Marleen。关于采集设备、采集参数、实验动物数量、具体实验流程、时间跨度等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集面向神经系统疾病领域,主题涵盖内源光学成像、GCaMP、小鼠脑数据、颈动脉刚性化、NWB 与神经生理。作为公开数据集,它可用于与上述主题相关的研究场景,例如神经生理数据的标准化读取、内源光学成像与 GCaMP 数据的分析,以及涉及颈动脉刚性化条件的小鼠脑数据比较研究。除这些由主题标签和源站描述直接支持的方向外,源站未提供更具体的适用场景说明。

【使用方法】

该数据集以 NWB 标准组织,属于神经生理学数据集,并发布于 DANDI Archive。使用者可通过 dandiarchive.org 获取该数据集,具体下载方式、访问协议、数据组织结构和配套工具等信息,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集被源站描述为 NWB-standard neurophysiology dataset,并关联 BRAIN Initiative,说明其采用 NWB 标准进行组织。关于数据质量、样本量、噪声水平、缺失情况、适用范围限制等,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来自 dandiarchive.org,对应 DANDI Archive dandiset 001210,联系人为 Bakker, Marleen。关于引用格式、许可条款、使用限制和授权要求等,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://dandiarchive.org/dandiset/001210

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DANDI Archive dandiset 001210. NWB-standard neurophysiology dataset (BRAIN Initiative). Contact: Bakker, Marleen.

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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