成年斑马鱼视锥光感受器富集基因鉴定数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE86155

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

视锥光感受器是特化的视网膜感觉神经元，负责明视觉、颜色感知和视敏度。视网膜退行性疾病是一组异质性眼病，其中最严重的视力丧失通常源于视锥光感受器功能障碍或变性。建立一种从视网膜组织中纯化视锥光感受器的方法，可加速鉴定调控视锥光感受器发育、存活和功能的关键分子决定因素。本文描述了一种从成年Tg(3.2TαCP:EGFP)斑马鱼视网膜中纯化增强型绿色荧光蛋白(EGFP)标记的视锥光感受器的新方法。电泳图证实，从两个细胞群体中均成功分离获得高质量RNA，其RNA完整性值(RIN)>7.6，RNA浓度>5.7 ng/µl。逆转录PCR(RT-PCR)证实，EGFP阳性细胞群体表达已知的视锥光感受器遗传标记，而这些标记在EGFP阴性细胞群体中不表达。

这项工作是为鉴定视锥光感受器富集基因及其发育、存活和功能所必需的蛋白质与信号网络迈出的重要一步。此外，这一进展有助于鉴定遗传性人类失明的新型候选基因。为了通过流式细胞术分析和分选样本，FSC和SSC值以对数刻度显示，因为这通常是默认的起始显示方式。这使得能够鉴定视网膜中存在的不同细胞亚群，这些亚群与不需要的细胞碎片和细胞片段混合在一起。由于存在多个细胞群体，因此成功检测到了不同水平的自发荧光。因此，重要的是改变策略，显示对照和EGFP样本的侧向散射和荧光特征，这最终使得能够鉴定出极度

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。