角膜上皮细胞主转录因子ChIP-seq数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE72641

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在发育过程中，胚胎外胚层通过目前尚不完全清楚的机制分化为包括神经外胚层和表面外胚层在内的多个谱系。在此我们报道，OVOL2是角膜上皮细胞（CEC）——表面外胚层的衍生物——转录程序所必需的，并且它可能调控这两个谱系之间的差异性转录程序。通过功能性筛选，我们鉴定了维持人CEC的转录因子（TF）。OVOL2对于维持CEC中的转录程序是必需的，特别是通过抑制间充质基因的表达。OVOL2与若干TF联合能够在成纤维细胞中激活CEC的转录程序，并伴随染色质景观的诱导。此外，我们的分析揭示神经外胚层衍生物表达部分间充质基因。事实上，OVOL2单独即能够通过抑制间充质基因以及激活上皮基因，在神经祖细胞（NPC）中诱导CEC的转录程序。

我们的数据表明，表面外胚层衍生物与神经外胚层衍生物之间转录程序的差异，部分是由上皮与间充质基因之间的相互抑制机制所调控的，这种机制在上皮-间充质转化中可见。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。