成人对照脊髓室管膜与腹角区域实时定量PCR分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE65463

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

成人室管膜和腹角区域通过激光捕获显微切割技术从死后冷冻样本中获取。简言之，将25微米厚的冷冻切片用甲苯胺蓝染色，两个区域均进行显微切割并收集于eppendorf管中（每个区域n=4）。样本mRNA浓度和纯度通过电泳评估（BioRad Experion HighSensitivity试剂盒，美国）。所有样本的RQI值均低于6.5，因此纯化后使用专为高度降解样本设计的试剂盒进行两轮扩增（ExpressArt® TRinucleotide mRNA Amplification Kit；#6299-A15，AmpTec，AMSBIO，英国）。扩增后，mRNA浓度和纯度通过电泳（BioRad Experion StSens试剂盒，美国）和分光光度法（Nanodrop，Thermo Scientific，美国）评估。我们扩增了3.7-37 ng的总RNA，两轮后获得6至21 µg的mRNA。收集样本并研究RNA完整性和数量后，选取样本的cDNA用于基因表达检测，使用384孔定制Taqman低密度芯片。我们构建了包含属于干性或室管膜瘤特征谱基因的芯片（见Garcia-Ovejero等，2015，BRAIN）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。