CORTECON：人胚胎干细胞体外大脑皮层发育时序转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE56796

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

许多神经和精神疾病会影响大脑皮层，而更清晰地理解人类皮层发生背后的分子过程将为了解此类病理提供更深入的见解。迄今为止，关于伴随皮层发生的基因表达变化的知识在很大程度上基于小鼠数据。在此，我们呈现了一个可检索的、全面的、涵盖从人类胚胎干细胞（hESCs）到大脑皮层发育的时间性基因表达数据集。利用改良的分化方案和结合计算分析的RNA-Seq技术，我们鉴定出在皮层发生过程中显著变化的一组基因和长非编码RNA，以及那些富含疾病关联的基因和长非编码RNA。我们揭示了众多具有不同时间表达模式的可变剪接基因，包括与全前脑畸形相关的TGIF1和与自闭症相关的MARK1。我们创建了一个数据库（http://cortecon.neuralsci.org），提供在线、基于查询的方式获取人类皮层发育过程中RNA表达和可变剪接转录本的变化。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。