GSE49562：探索发育中内耳Pten缺陷相关基因表达

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE49562

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在我们最近的研究中，我们报道了磷酸酶及张力蛋白同源物（PTEN）在内耳发育过程中的功能。PTEN对于神经元的维持是必需的，例如神经元的存活以及对毛细胞的精确神经支配。为了更好地理解与听觉神经元维持相关的基因和信号网络，我们利用微阵列分析检测了E14.5期Pten缺陷小鼠中差异表达基因（DEGs）的表达谱。我们采用微阵列显著性分析（SAM）方法，在错误发现率（FDR）等于零的条件下，鉴定出46个具有统计学显著性的DEGs。在这些DEGs中，候选基因的表达水平及表达区域分别通过定量实时聚合酶链反应（RT-PCR）和原位杂交进行了验证。利用DEGs进行的Ingenuity通路分析（IPA）识别出与细胞运动和轴突导向相关的重要信号网络。显著的网络揭示，Spp1介导的细胞运动以及G蛋白信号4（RGS4）-Akt与轴突导向相关。

该结果与Pten条件性敲除(cKO)小鼠螺旋神经节的表型缺陷一致（例如，螺旋神经节异常迁移和神经炎不规则形成）。基于此研究，我们提出由Spp1和RGS4介导的两个关键调控信号网络，它们可能在发育中的听觉神经元分化过程中发挥潜在作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。