精神药物诱导小鼠纹状体基因表达改变 I

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE48951

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为了识别可能引发治疗效果的分子机制，我们对药物引起的小鼠大脑变化进行了全基因组表达谱分析（使用Illumina Mouse WG-6微阵列），重点关注十八种主要精神药物（抗抑郁药、抗精神病药、抗焦虑药、精神兴奋剂和阿片类药物）诱导的基因表达变化的时间进程（1、2、4和8小时）。由此产生的数据库可在www.genes2mind.org免费访问。通过生物信息学方法，我们确定了三个主要的药物响应基因组网络，并指出了介导转录改变的神经生物学途径。每种测试的精神药物都以其独特的基因网络表达谱为特征，与其神经药理学特性相关。我们发现了将网络表达与神经元适应性发展（MAPK信号通路）、脑代谢控制（脂肪细胞因子通路）以及细胞突起组织（mTOR通路）相连的功能联系。额外的数据集可在GEOX1和GEOX2获取。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。