单纯疱疹病毒角膜感染后中枢神经系统与肝脏的功能基因组学

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE35943

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究的总体目标是利用体内数据结合功能基因组学，确定能够代表HSV中枢神经系统感染谱系的基因表达特征。先天免疫缺陷导致感染后出现一系列严重的临床结局。特别是，信号转导与转录激活因子（Stat）通路的缺失、血脑屏障（BBB）的破坏与病毒诱导的神经病理学之间存在强关联。在病毒感染的中枢神经系统中，表征抵抗性、疾病和死亡率的基因特征尚未被确定。单纯疱疹病毒1型（HSV-1）在人类中常与脑炎相关，而缺乏Stat1的人类和小鼠对HSV中枢神经系统（CNS）感染的易感性增加。本研究使用了两种HSV-1毒株：KOS（野生型[WT]）和Δvhs（一种缺乏病毒粒子宿主关闭（vhs）功能的无毒性重组体）。此外，还使用了两种小鼠品系：129品系（对照）和Stat1缺陷（Stat1(-/-)）品系。

利用这些病毒株和小鼠品系的组合，我们建立了一种感染模型，该模型可导致三种不同的结局：无神经系统疾病的病毒清除（对照组小鼠感染Δvhs）、神经系统疾病后病毒清除（Stat1(-/-)小鼠感染Δvhs及对照组小鼠感染WT），以及神经系统疾病后死亡（Stat1(-/-)小鼠感染WT）。通过对受感染的脑干和肝脏应用功能基因组学，我们确定了代表这三种感染结局的基因特征。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。