人坏死性小肠结肠炎跨壁单核转录组提名候选疾病程序

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE351352

标准获取流程：

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数据说明

坏死性小肠结肠炎（NEC）是一种危及早产儿生命的疾病，以炎症、缺血、黏膜损伤为特征，晚期病例可出现延伸至肠壁深层的坏死。由于NEC累及发育中肠道内特化的相互作用细胞，我们采用单核转录组学构建了跨壁、细胞类型分辨的图谱，并提出了有别于成熟过程的、可产生假设的疾病程序。通过单核RNA测序（snRNA-seq）分析了来自胎儿/产前对照、急性NEC病例和婴儿对照的全层肠道标本。胎儿和婴儿样本作为发育参考。分析包括细胞注释、NEC与婴儿的差异表达、基因本体（GO）、跨谱系重现性、细胞死亡特征和发育成熟度。我们通过snRNA-seq对53，735个细胞核进行了分析，并解析出34个上皮、基质、血管、免疫、神经元、胶质和平滑肌细胞群体。我们采用基于形态学的细胞核评分系统进行样本选择，该系统可预测高质量的转录本回收。

NEC细胞核在这一细胞图谱中均有呈现，反复出现的基因表达变化提示存在共同的炎症募集、抗菌/氧化还原防御、应激适应、补体/血管激活、稳态信号减弱以及细胞死亡相关调控。发育成熟度分析发现，NEC调控基因的亚群中呈现胎儿样表达水平。增殖性隐窝细胞群保留了DNA修复/细胞周期程序，并伴有炎症、缺氧和内质网应激特征，而吸收性肠上皮细胞则表现出消化、转运、解毒和终末绒毛功能程序的降低。分泌谱系的变化涉及杯状细胞黏液屏障反应，伴糖基化、转运和水合作用降低；肠内分泌细胞在上皮防御、代谢应激和神经信号传导方面的变化；以及潘氏细胞的保留。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。