人胚胎干细胞中NANOG-OCT4-SOX2调控模块（数据集1）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE34904

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

转录因子Nanog、Oct4和Sox2是小鼠胚胎干细胞（mESCs）多能性的主要调控因子，然而，它们在人类胚胎干细胞（hESCs）中的功能尚未被严格界定。此处我们展示，hESCs中对NANOG、OCT4和SOX2的需求与mESCs不同。NANOG和OCT4均为自我更新所必需，并能抑制分化。OCT4以BMP4依赖的方式控制着胚外和上胚层衍生细胞命运。在BMP4存在时，OCT4耗尽的hESCs致力于滋养层和原始内胚层，但在缺乏BMP4的情况下则经历神经外胚层分化。NANOG抑制神经外胚层和神经嵴承诺，但对其他谱系影响甚微或没有影响。我们发现，SOX2并非自我更新所必需，因为它与在SOX2耗尽的hESCs中被诱导的SOX3功能冗余。同时耗尽SOX2和SOX3会诱导向原条分化。出乎意料的是，我们发现在不同hESC系中多能性因子的使用存在显著变异性，这表明多能性网络经过重塑以支持一系列连续的发育状态。

我们的研究修正了关于NANOG、OCT4和SOX2如何协调人类胚胎干细胞自我更新的一般观点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。