GSE348268:富含于缰核的GPCR GPR151调控对炎症的行为敏感性

该数据集为来自一个人类缰核的snRNA-seq数据,用于比较人类缰核单核中GPR151与CHRM3表达,以及Gpr151与CHRNB4/CHAT表达,并与已发表的小鼠scRNA-seq数据集及另一项人类缰核转录组研究进行比较

geo
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基因组分类GPL301739606
GSE348268: A habenula-enriched GPCR, GPR151, regulates behavioral sensitivity to inflammation

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-04

资源简介

GSE348268:富含于缰核的GPCR GPR151调控对炎症的行为敏感性

GSE348268 是一个围绕人类缰核展开的单核 RNA 测序(snRNA-seq)数据集,其相关研究标题为“A habenula-enriched GPCR, GPR151, regulates behavioral sensitivity to inflammation”,即一种富集于缰核的 G 蛋白偶联受体 GPR151 调控对炎症的行为敏感性。该数据集收录了来自一个人类缰核的 snRNA-seq 数据,主要用途是比较人类缰核单核中 GPR151 与 CHRM3 的表达,以及 Gpr151 与 CHRNB4/CHAT 的表达,并将这些表达情况与已发表的小鼠 scRNA-seq 数据集以及另一项人类缰核转录组研究进行对照。数据集在站内归入神经系统疾病/其他类别,来源为 ncbi.nlm.nih.gov,共包含 1 个文件,样例文件为 GSE348268_series_matrix.txt.gz,作者为 Lupita、Rios,发布时间为 Sep 22 202。

【数据集背景】

该数据集所属研究关注缰核中富集的 G 蛋白偶联受体 GPR151 及其对炎症相关行为敏感性的调控作用。缰核是神经系统中的重要结构,而 GPR151 在其中的富集提示其可能具有特定的功能角色。为在转录组层面考察 GPR151 及相关基因在人类缰核细胞类型中的表达特征,研究产生了本数据集中的单核 RNA 测序数据,并将其置于跨物种、跨研究的比较框架中加以分析。数据集主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL30173 和 9606,分别指向高通量测序表达谱、所用平台以及人类物种信息。

【数据内容】

数据集的核心内容是来自一个人类缰核的 snRNA-seq 数据。基于这批单核转录组数据,研究者比较了人类缰核单核中 GPR151 与 CHRM3 的表达,以及 Gpr151 与 CHRNB4/CHAT 的表达。文件层面,数据集仅包含 1 个文件,样例文件名为 GSE348268_series_matrix.txt.gz,属于系列矩阵文件形式。源站未提供更多关于基因数量、细胞核数量、测序深度或表达矩阵具体字段的说明。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,属于 GEO 系列记录,编号为 GSE348268。样本材料为一个人人类缰核,采用单核 RNA 测序技术获取表达谱。研究将本数据与已发表的小鼠 scRNA-seq 数据集(Hashikawa, Y. et al.,Neuron 106, 743-758 e745, 2020)以及 Yalcinbas, E. A. et al. 关于精神分裂症中人类缰核的转录组分析(Am J Psychiatry 182, 991-1006, 2025)进行比较。作者信息为 Lupita、Rios,发布时间为 Sep 22 202。源站未提供样本捐献者背景、伦理审批及具体测序平台的进一步细节。

【适用场景】

该数据集适用于人类缰核单核转录组的表达特征考察,尤其是 GPR151、CHRM3、CHRNB4、CHAT 等基因在单核水平上的表达比较;也适用于将人类缰核数据与小鼠缰核 scRNA-seq 数据以及其他人缰核转录组研究进行跨物种、跨研究对照的场景。对于关注缰核细胞类型组成、GPCR 表达以及炎症相关行为机制的研究,该数据可作为参考性转录组资源。源站未提供其他具体应用场景的说明。

【使用方法】

使用时可下载数据文件 GSE348268_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入分析流程。源站未提供更详细的分析流程或参数建议。

【质量与限制】

该数据集仅来自一个人类缰核样本,样本量有限,这是其在统计推断上的主要限制。文件数量为 1,数据规模与内容以系列矩阵文件为准。源站未提供质控指标、批次信息、测序深度等质量相关细节,使用时需自行评估数据适用性。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可条款。使用时应参考源站记录及对应研究论文的引用要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE348268

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

这些是来自一个人缰核的snRNA-seq数据。我们利用这些数据,将人缰核单核中GPR151和CHRM3的表达以及Gpr151和CHRNB4/CHAT的表达,与已发表的小鼠scRNA-seq数据集(Hashikawa, Y. et al. Transcriptional and Spatial Resolution of Cell Types in the Mammalian Habenula. Neuron 106, 743-758 e745 (2020))中这些基因的表达进行了比较。我们还将这些数据与Yalcinbas, E. A. et al. Transcriptomic Analysis of the Human Habenula in Schizophrenia. Am J Psychiatry 182, 991-1006 (2025)中的数据进行了比较。

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