氯化钴诱导缺氧下人海马神经元线粒体功能障碍的关键调控网络：转录组与蛋白互作联合分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE345556

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

海马神经元的缺氧应激是神经退行性疾病发病机制中的关键因素，但其潜在的基因调控网络仍不清楚。在此，我们将人海马神经元细胞（HPPNCs）暴露于CoCl₂诱导的缺氧环境，并进行了转录组测序以及形态学和功能学检测。我们发现在缺氧条件下存在严重的线粒体损伤和线粒体膜电位的显著去极化。RNA-seq分析揭示了471个差异表达基因（DEGs），富集于氧感知、代谢重编程、血管生成和突触功能相关通路。蛋白质-蛋白质相互作用分析、分子对接和ceRNA网络构建突出显示HSPD1、HSPA9和HSP90AA1是线粒体质量控制和缺氧应激适应的核心调控因子。对于转录组分析，提取总RNA，进行polyA选择，并制备插入片段约400 bp的链特异性文库。在Illumina NovaSeq X Plus平台上进行双端150 bp测序，每组三个生物学重复。

该数据集包含原始测序文件和经过处理的基因表达矩阵，这些数据在此GEO提交中公开可用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。