小鼠多模态转录组与钙成像揭示表达IL-1受体的新型多模态伤害感受器亚群

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE344702

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

我们之前已确定，小鼠背根神经节（DRG）中的感觉神经元表达促炎细胞因子白细胞介素（IL）-1的功能性受体。我们还证明，在表达TRPV1的（+）神经元中敲除IL-1受体1型基因Il1r1，可预防多发性硬化、类风湿性关节炎和骨关节炎等慢性炎症性疾病模型中的疼痛。在此，我们发现IL-1R1+神经元的丰度存在显著的性别差异，在雌性中约占所有DRG神经元的10%，而在雄性中仅占5%。然而，向脑脊液注射IL-1β后，雄性小鼠表现出比雌性更强、更持久的机械性超敏反应。体内钙成像显示，对IL-1β有反应的DRG神经元对皮肤机械刺激和辣椒素刺激有反应。通过将空间转录组学与单细胞RNA测序（scRNA-Seq）相结合，我们鉴定出一个独特标记IL-1R1+神经元的基因特征，包括Ada、Cysltr2、Gpr139、Htr1a、Htr1f、Il31ra、Nppb、Npy2r、Nts、P2rx2、Pde4c和Sst等基因，其中Ada和Sst已在蛋白质水平得到验证。

组学分析揭示，IL-1R1+ DRG神经元构成了非肽能3型（NP3）感觉神经元的一个亚群，与炎症性疼痛和瘙痒有关。然而，Il1r1基因缺失并不影响对血清素、组胺或氯喹的瘙痒反应，且这些介质未能在对IL-1β响应的DRG神经元中诱导钙活动。最后，单细胞RNA测序（scRNA-seq）鉴定出IL-1β注射后NP3神经元中上调的若干基因，包括与慢性炎症性疼痛相关的Alkal2、Bdnf和Lcn2。因此，我们的研究揭示了IL-1R1+伤害感受器的新标记物，并再次确认了它们在炎症性疼痛中的选择性作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。