DAP12敲低后THP-1单核细胞基因表达谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE33500

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Nasu-Hakola病（NHD），又称多囊性脂膜性骨发育不良伴硬化性白质脑病（PLOSL），是一种罕见的常染色体隐性遗传病，以进行性早老性痴呆和多灶性骨囊肿形成为特征，由DAP12或TREM2的功能缺失突变所致。TREM2与DAP12构成一个表达于破骨细胞、树突状细胞、巨噬细胞、单核细胞和小胶质细胞上的受体/衔接蛋白复合物。目前，NHD中白质脑病和骨囊肿发生发展的确切分子机制在很大程度上仍不清楚。我们建立了稳定表达靶向DAP12的小干扰RNA（siRNA）的THP-1人单核细胞克隆，作为NHD的细胞模型。全基因组转录组分析鉴定出一组在DAP12敲低细胞中持续下调的22个基因。它们构成的分子网络与由细胞间信号传导与相互作用、血液系统发育与功能以及炎症反应所定义的网络密切相关，其中NF-kappaB作为中心调节因子发挥作用。

这些结果表明，人类单核细胞中DAP12的分子缺陷导致了对维持NHD中髓系细胞功能至关重要的基因网络失调。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。