GSE333178：Fos调控VAPBALS年龄依赖性神经炎症

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE333178

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肌萎缩侧索硬化症（ALS）是一种致死性神经退行性疾病，以运动功能进行性丧失为特征。我们利用CRISPR/Cas9基因组编辑技术构建了ALS8（VAPBP58S）的果蝇模型。VAPB是一种定位于内质网的衔接蛋白，与细胞内细胞器膜接触位点相关联并对其进行调控。VAPBP58S果蝇表现出进行性年龄依赖性运动缺陷和寿命缩短，与人类疾病的特征相平行。通过全转录组定量mRNA测序检测，VAPBP58S果蝇脑组织表现出年龄依赖性神经炎症，提示多条免疫通路（Toll、IMD、Jak-STAT和Jun激酶）中存在广泛的低度信号增强。我们认为脑内胶质细胞是脑部炎症的发生部位，并鉴定出果蝇Fos（Kayak）是年龄依赖性炎症的关键调节因子。据此，我们发现胶质细胞中过表达野生型kayak或其显性活性变体kayakK357R可减轻炎症，并同时改善运动功能。相反，敲低胶质细胞kayak则加速年龄依赖性运动功能恶化并增强神经炎症。

我们的研究强调了胶质细胞调节的脑部炎症在决定ALS8进展中的作用，并确定kayak是疾病中神经炎症的核心负调控因子。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。