85株家族性痴呆iPSC系多组学图谱[Methylation_array]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE329689

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

需要对携带疾病相关突变的人iPSC系进行系统的分子表征，以区分疾病相关生物学与细胞状态、基因组完整性和基因组编辑历史方面的变异；然而这种系统表征并不常见。在此，我们利用全基因组测序、MAPT位点的长读长测序、bulk和单细胞RNA测序以及DNA甲基化芯片，对85个携带MAPT突变的人iPSC系及其同基因对照进行了分析。单细胞分析鉴定出四种可重复的iPSC状态及其分离所需的候选表面标志物。全基因组测序揭示了非预期编辑事件和反复出现的20q11.21重复，后者与ID1表达升高及皮质类器官模式化受损相关。转录组分析鉴定出与类器官质量相关的通路以及与克隆选择和编辑相关的改变，凸显了使用未转化细胞系作为同基因对照的必要性。通过对MAPT iPSC进行深入的基因组表征，该数据集可作为概念验证，以提升iPSC在生物学研究中的效用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。