GSE326333：CREST在成熟运动神经元中作为神经元特异性增强子与表观遗传调控因子之间的分子桥梁 [ChIP-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE326333

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数据说明

神经元细胞身份部分由表观遗传调控蛋白建立，包括染色质重塑复合物，这些复合物利用其ATP酶活性调节顺式调控DNA元件（如增强子）的可及性。神经元特异性BAF（Brg1/Brm相关因子）染色质重塑复合物包含一个非催化亚基CREST，其新发突变已在运动神经元疾病患者中被发现。然而，CREST在运动神经元分化过程中调控神经元基因表达程序的机制仍不清楚。在此，我们阐明了CREST调控小鼠胚胎干细胞向运动神经元分化的全基因组机制。我们发现CREST识别由运动神经元特异性转录因子Onecut1和Ngn2结合的增强子。随后，CREST选择性招募CBP组蛋白乙酰转移酶，在神经元增强子处乙酰化组蛋白H3第27位赖氨酸，从而通过长距离染色质相互作用表观遗传激活成熟神经元基因。

我们还发现，在从神经祖细胞向成熟运动神经元转变的过程中，CREST结合的增强子通过选择性招募神经元特异性Brm ATP酶而获得可及性。此外，CREST敲除会破坏神经元BAF染色质重塑复合物其他亚基的表达，提示CREST可能影响这些复合物的组装。我们的研究结果揭示了神经元特异性染色质重塑因子的非经典作用，证明CREST介导表观遗传调控因子与神经元特异性增强子之间的通讯，而后者对神经元的正常功能至关重要。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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