发育调控的长程增强子-启动子接触介导人神经发育 [ATAC-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE318999

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

SOX2是人胚胎干细胞(hESCs)中的核心多能性因子，但在向三胚层分化后，其表达选择性地保留在神经外胚层中。调控SOX2在不同发育阶段转录的机制尚不完全清楚。在此，我们证明，距人SOX2基因座550 kb的一个远端增强子在神经干细胞(NSCs)中被选择性激活，并与SOX2基因建立长距离接触。CRISPR-Cas9切除该增强子在hESCs中无影响，但会降低NSCs中的SOX2转录，并损害畸胎瘤和脑类器官中的神经外胚层分化及前脑特化。CRISPR切除增强子邻近的CTCF识别基序不影响神经外胚层中的增强子激活，但会减少染色质环化和SOX2转录，从而部分重现增强子缺失所见的表型。我们的发现表明，人神经系统的发育依赖于一个受发育调控的、远端增强子与SOX2基因座之间的长距离接触。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。