人类脉络丛单核RNA测序数据 [snRNA-Seq]

该数据集为来自死后人类脉络丛组织的单核RNA测序数据,使用10x Genomics Chromium平台对分离的细胞核进行表达谱分析,旨在刻画脉络丛中多种细胞群体的基因表达特征

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基因组分类GPL246769606
GSE315551: Human Choroid Plexus Single Nucleus RNA Sequencing Data [snRNA-Seq]

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-04

资源简介

人类脉络丛单核RNA测序数据 [snRNA-Seq]

该数据集为来自死后人类脉络丛组织的单核RNA测序数据,使用10x Genomics Chromium平台对分离的细胞核进行表达谱分析,旨在刻画脉络丛中多种细胞群体的基因表达特征。数据集英文名称为GSE315551: Human Choroid Plexus Single Nucleus RNA Sequencing Data [snRNA-Seq],源站标题为Human Choroid Plexus Single Nucleus RNA Sequencing Data [snRNA-Seq],来源站为ncbi.nlm.nih.gov。本站将其归类为神经系统疾病 / 其他。该数据集包含1个文件,样例文件为GSE315551_series_matrix.txt.gz,可为研究人类脉络丛在健康与疾病状态下的细胞类型特异性转录程序及细胞异质性提供资源。

【数据集背景】

该数据集聚焦于人类脉络丛组织。脉络丛是中枢神经系统的重要组成部分,其相关研究属于神经系统疾病领域。本研究采集死后人类脉络丛组织,通过单核RNA测序技术获取基因表达信息,以刻画该组织中多种细胞群体的表达特征。数据集由DiStasio,Marcello提交,发布时间为Jan 05 202。源站描述指出,该研究旨在为探究人类脉络丛在健康与疾病状态下的细胞类型特异性转录程序与细胞异质性提供资源。

【数据内容】

该数据集的核心内容为单核RNA测序数据,来源于死后人类脉络丛组织。研究使用10x Genomics Chromium平台对分离的细胞核进行表达谱分析,从而在单核水平上表征脉络丛中不同细胞群体的基因表达。数据集包含1个文件,样例文件名为GSE315551_series_matrix.txt.gz。主题标签包括Expression profiling by high throughput sequencing、GPL24676以及9606。本站分类为神经系统疾病 / 其他。整体而言,该数据集提供了用于研究人类脉络丛细胞异质性与细胞类型特异性转录程序的表达谱资源。

【采集与来源】

数据来源于死后人类脉络丛组织。研究人员从该组织中分离细胞核,并利用10x Genomics Chromium平台进行单核RNA测序,以获取跨多种细胞群体的基因表达信息。来源站为ncbi.nlm.nih.gov。作者为DiStasio,Marcello。发布时间为Jan 05 202。源站描述未提供更详细的样本采集地点、伦理审批信息或供体临床背景,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究人类脉络丛中多种细胞群体的基因表达特征,可用于探索细胞类型特异性转录程序以及细胞异质性。由于数据来自死后人类脉络丛组织,其潜在应用场景包括在健康与疾病背景下考察脉络丛的细胞组成与表达差异。本站分类将其归入神经系统疾病 / 其他,因此也可作为神经系统疾病相关研究中涉及脉络丛的参考数据资源。源站描述未列出具体的下游分析类型或疾病模型,源站未提供。

【使用方法】

使用该数据集时,可下载数据文件GSE315551_series_matrix.txt.gz。该文件为GZIP压缩包,应按相应格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以确保数据读取与后续分析的准确性。源站描述未提供更详细的分析流程、标准化方法或推荐软件,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于10x Genomics Chromium平台生成单核RNA测序数据,样本来源为死后人类脉络丛组织。源站描述未提供关于测序深度、细胞核数量、基因检出数、数据质量控制指标或批次效应等信息,源站未提供。此外,源站描述未说明供体数量、年龄、性别、疾病状态或死后间隔等元数据,源站未提供。因此,在使用该数据集时,应结合源站提供的原始信息自行评估其适用性与局限性。

【引用与许可】

该数据集的作者为DiStasio,Marcello,来源站为ncbi.nlm.nih.gov,发布时间为Jan 05 202。源站描述未提供具体的引用格式、许可条款或数据使用限制,源站未提供。如需引用或使用该数据集,建议访问来源站获取相应的引用与许可信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE315551

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究呈现了从死后人类脉络丛组织生成的单核RNA测序数据。使用10x Genomics Chromium平台对分离的细胞核进行分析,以表征脉络丛中多种细胞群体的基因表达。由此产生的数据集为研究健康和疾病状态下人类脉络丛中细胞类型特异性的转录程序及细胞异质性提供了资源。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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