SARS-CoV-2经鼻给药引发小鼠三叉神经节与脑干细胞分子改变：聚焦偏头痛相关伤害性通路

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE308948

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

头痛疾病，包括偏头痛，是COVID-19的常见症状，可能源于三叉神经节（TG）和脑干中继结构的敏化。近期研究表明，SARS-CoV-2可能侵入鼻腔内的三叉神经末梢。然而，尽管有这些认识，其确切的内在机制仍知之甚少。本研究以感染SARS-CoV-2的K18-hACE2小鼠模型为对象，探讨了三叉神经节和脑干中的细胞与分子变化，并特别关注三叉神经脊束核。我们首先确认了在这两个结构中参与SARS-CoV-2细胞进入的细胞蛋白（ACE2、TMPRSS2和NRP1）的表达。此外，我们通过多模态方法（RNA测序、RNAscope和免疫组织荧光）报道了感染后6天三叉神经节和脑干中病毒核衣壳（N）蛋白和刺突（S）蛋白的表达。在三叉神经节中，SARS-CoV-2的S蛋白和N蛋白在神经纤维以及瞬时受体电位香草酸亚型1（TRPV1）和降钙素基因相关肽（CGRP）伤害性神经元中均被检测到。

对感染K18-hACE2小鼠三叉神经节的转录组学分析显示，基因表达发生显著变化，包括Ccl2、Atf3、Cxcl10、Saa3、Plin4等基因。此外，在这些小鼠感染后的三叉神经节中检测到ATF3和Iba1免疫反应性增强。在脑干中，SARS-CoV-2蛋白仅见于神经元，未在星形胶质细胞或小胶质细胞中检测到，后者在K18-hACE2感染小鼠中呈现活化形态。批量RNA-Seq分析明确证实了细胞因子和趋化因子风暴、炎症小体活化（Gsdmd、Casp4/1、Nlrp3）、神经元活化分子标志物（Jun、Fos、Fosb）、神经元损伤标志物（Atf3）以及疼痛标志物（Gfra1、Ntrk1、Ptgs2）。我们还发现，大量被感染的神经元位于CGRP阳性伤害性神经纤维密集网络内或与其紧密接触。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。